Da Jesus in nördlicher Richtung nach Galiläa gegangen war, fühlte Johannes sich geführt, seine Schritte wieder nach Süden zu lenken. Also begannen Johannes und der Rest seiner Jünger am Sonntagmorgen, dem 3. März, ihre Reise nach Süden. Ungefähr ein Viertel seiner unmittelbaren Anhänger war unterdessen auf der Suche nach Jesus in Richtung Galiläa aufgebrochen. Traurigkeit und Unsicherheit umgaben Johannes. Nie wieder predigte er wie vor der Taufe Jesu. Er fühlte irgendwie, dass die Verantwortung für das kommende Königreich nicht mehr auf seinen Schultern ruhte. Er fühlte, dass sein Werk beinahe abgeschlossen war; er war trostlos und einsam. Aber er predigte, taufte und setzte seine Reise nach Süden fort.
Johannes hielt sich mehrere Wochen in der Nähe des Dorfes Adam auf, und hier war es, dass er in denkwürdiger Art Herodes Antipas angriff, weil dieser in Missachtung des Gesetzes die Frau eines anderen genommen hatte. Im Juni dieses Jahres (26 n. Chr.) langte Johannes wieder an der Jordanfurt bei Bethanien an, wo er mehr als ein Jahr zuvor seine Verkündigung des kommenden Königreichs begonnen hatte. In den Wochen, die der Taufe Jesu folgten, veränderte sich das Wesen seiner Predigten allmählich und wurde zu einer Verkündigung der Barmherzigkeit für das einfache Volk, während er mit neuer Heftigkeit die Verderbtheit der politischen und religiösen Machthaber anprangerte.
Herodes Antipas, auf dessen Gebiet Johannes predigte, begann zu befürchten, dieser und seine Jünger könnten einen Aufstand auslösen. Herodes verübelte Johannes auch dessen öffentliche Kritik an seinen häuslichen Verhältnissen. Angesichts all dessen beschloss er, Johannes ins Gefängnis zu werfen. Also verhafteten seine Häscher Johannes früh am Morgen des 12. Juni, noch bevor die Menge sich einfand, um ihn predigen zu hören und Zeuge der Taufen zu werden. Als die Wochen verstrichen und er nicht freigelassen wurde, verstreuten sich seine Jünger über ganz Palästina, und viele von ihnen schlossen sich in Galiläa den Anhängern Jesu an.