Toen Johannes bij zijn discipelen terugkwam (hij had nu tussen de vijfentwintig en dertig leerlingen die constant bij hem bleven) trof hij hen in ernstige discussie aan, sprekend over wat er zojuist gebeurd was in verband met de doop van Jezus. Zij waren nog verbaasder toen Johannes hen nu het verhaal vertelde van het bezoek van Gabriël aan Maria vóór de geboorte van Jezus, en hen ook zei dat Jezus geen woord tegen hem gezegd had, zelfs niet nadat hij hem dit medegedeeld had. Het regende die avond niet, en deze groep van dertig of meer personen sprak nog lang met elkaar onder de met sterren bezaaide hemel. Zij vroegen zich af waar Jezus was heen gegaan, en wanneer ze hem zouden terugzien.
Na wat hij deze dag had meegemaakt, klonk er in Johannes’ prediking een nieuwe, zekere toon van verkondiging ten aanzien van het komende koninkrijk en de verwachte Messias. Het was een tijd van spanning, deze veertig dagen gedurende welke zij in afwachting verkeerden van de terugkomst van Jezus. Maar Johannes bleef met grote kracht prediken, en zijn discipelen begonnen omstreeks deze tijd te prediken tot de overvloedige scharen die zich bij de Jordaan rond hem verzamelden.
In de loop van deze veertig dagen van afwachting deden vele geruchten de ronde in het land, en bereikten zelfs Tiberias en Jeruzalem. Duizenden kwamen opdagen om de nieuwe attractie, de vermeende Messias, in het kamp van Johannes te zien, maar Jezus was nergens te vinden. Toen de discipelen van Johannes verzekerden dat de vreemde man van God naar de heuvels was gegaan, betwijfelden velen het hele verhaal.
Ongeveer drie weken nadat Jezus hen verlaten had, verscheen te Pella opnieuw een deputatie van de priesters en Farizeeën uit Jeruzalem. Zij vroegen Johannes rechtstreeks of hij Elia was of de profeet die door Mozes was beloofd; en toen Johannes dit ontkende, verstoutten zij zich om te vragen: ‘Zijt gij de Messias?’, en Johannes antwoordde: ‘Dat ben ik niet.’ Daarop spraken deze mannen uit Jeruzalem: ‘Indien gij niet Elia zijt, noch de profeet, noch de Messias, waarom doopt ge het volk dan en verwekt ge al deze beroering?’ En Johannes antwoordde: ‘Zij die mij gehoord hebben en mijn doop hebben ondergaan, zouden moeten zeggen wie ik ben, maar ik zeg u dat, terwijl ik met water doop, er iemand bij ons is geweest die zal terugkomen om u met de Heilige Geest te dopen.’
Deze veertig dagen waren een moeilijke periode voor Johannes en zijn discipelen. Wat zou de verhouding worden tussen Johannes en Jezus? Tientallen vragen dienden zich aan om besproken te worden. Intriges en het zelfzuchtig streven naar voorrang begonnen reeds aan de dag te treden. Er begonnen emotionele discussies te ontstaan over de verschillende ideeën en begrippen van de Messias. Zou hij een militaire leider worden en een Davidische koning? Zou hij de Romeinse legers verslaan zoals Jozua de Kanaänieten? Of zou hij komen om een geestelijk koninkrijk op te richten? Johannes kwam vrijwel tot de beslissing, waarin hij door een minderheid werd gevolgd, dat Jezus was gekomen om het koninkrijk des hemels te vestigen, ofschoon hij voor zichzelf nog niet niet precies wist wat deze missie om het koninkrijk des hemels te vestigen, nu wel zou inhouden.
Het waren inspannende dagen die Johannes doormaakte, en hij bad om de terugkomst van Jezus. Enkele discipelen van Johannes organiseerden groepjes die Jezus moesten gaan zoeken, doch Johannes verbood dit met de woorden: ‘Onze dagen zijn in de handen van de God des hemels; hij zal zijn uitverkoren Zoon geleiden.’
Vroeg in de Sabbatmorgen van 23 februari zag het gezelschap van Johannes tijdens het ochtendmaal Jezus vanuit het noorden naar zich toe komen. Toen Jezus hen naderde, ging Johannes op een groot rotsblok staan en riep met zijn welluidende stem: ‘Zie de Zoon van God, de verlosser van de wereld! Dit is degene van wie ik gezegd heb: “Na mij zal iemand komen die verkoren is boven mij, omdat hij vóór mij bestond.” Om deze reden ben ik uit de wildernis gekomen om boetvaardigheid te prediken en met water te dopen, en te verkondigen dat het koninkrijk des hemels nabij is. En nu komt iemand die u met de Heilige Geest zal dopen. En ik zag de goddelijke geest op deze man neerdalen en hoorde de stem Gods zeggen: “Dit is mijn geliefde Zoon, in wie ik mijn welbehagen heb.”’
Jezus verzocht hun door te gaan met de maaltijd, terwijl hij bij Johannes ging zitten om met hem te ontbijten, want zijn broers Jakobus en Judas waren teruggegaan naar Kafarnaüm.
De volgende dag nam hij ’s morgens vroeg afscheid van Johannes en diens discipelen, en keerde terug naar Galilea. Hij zei hun niet wanneer zij hem terug zouden zien. Op de vragen van Johannes over diens eigen prediking en zending zei Jezus slechts: ‘Mijn Vader zal je nu en in de toekomst leiden zoals hij dat in het verleden heeft gedaan.’ En deze twee grote mannen gingen die morgen uiteen aan de oevers van de Jordaan om elkaar nooit weer in het vlees te begroeten.