In het dal langs deze kleine beek bouwde Johannes wel een dozijn stenen onderkomens en veekralen voor de nacht, die uit opeengestapelde stenen bestonden en waarin hij zijn kudden schapen en geiten kon bewaken en beschermen. Johannes’ leven als herder gaf hem veel tijd om na te denken. Hij praatte veel met Ezda, een weesjongen uit Bet-Sur die hij min of meer geadopteerd had, en die voor de kudden zorgde wanneer hij naar Hebron ging om zijn moeder te bezoeken en schapen te verkopen, of wanneer hij naar Engedi ging voor de Sabbatviering. Johannes en de jongen leefden zeer eenvoudig van schapevlees, geitemelk, wilde honing en de eetbare sprinkhanen van die streek. Deze voor hen gewone kost werd aangevuld met proviand die van tijd tot tijd uit Hebron en Engedi werd meegebracht.
Elisabet hield Johannes op de hoogte van de zaken die Palestina en de wereld betroffen en hij raakte er steeds meer van overtuigd dat de tijd waarin de oude orde teneinde zou lopen, snel naderbij kwam en dat hij de heraut zou worden van de nadering van een nieuw tijdperk, ‘het koninkrijk des hemels.’ Deze stoere schaapherder had een grote voorliefde voor de geschriften van de profeet Daniël. Hij las wel duizend maal Daniëls beschrijving van het grote beeld dat, zoals Zacharias hem had verteld, de geschiedenis van de grote koninkrijken der wereld weergaf, te beginnen met Babylon, dan Perzië, Griekenland, en tenslotte Rome. Johannes zag in dat Rome nu reeds bestond uit zoveel volken en rassen met geheel verschillende talen, dat het nooit een hecht verbonden en stevig gegrondvest wereldrijk kon worden. Hij geloofde dat Rome toen reeds verdeeld was in gebieden als Syrië, Egypte, Palestina, en andere provincies; en dan las hij verder ‘in de dagen van die koningen zal de God des hemels een ander koninkrijk oprichten dat in eeuwigheid niet zal te gronde gaan en waarvan de heerschappij op geen ander volk meer zal overgaan; het zal al die koninkrijken verbrijzelen en daaraan een einde maken, maar zelf zal het bestaan in eeuwigheid.’ ‘En hem werd heerschappij gegeven en eer en koninklijke macht en alle volken, natieën en talen dienden hem. Zijn heerschappij is een eeuwige heerschappij die niet zal vergaan en zijn koningschap is een dat onverderfelijk is.’ ‘En het koningschap en de macht en de grootheid der koninkrijken onder de ganse hemel zal gegeven worden aan het volk des Allerhoogsten: zijn koningschap is een eeuwig koningschap, en alle machten zullen het dienen en gehoorzamen.’
Johannes was nooit geheel in staat de verwarring te boven te komen die veroorzaakt werd door wat zijn ouders hem over Jezus hadden verteld en door deze passages die hij in de Schrift las. In Daniël las hij: ‘Ik had in de nacht gezichten en zie, met de wolken des hemels kwam iemand gelijk de Zoon des Mensen, en hem werd heerschappij gegeven en eer en koninklijke macht.’ Deze woorden van de profeet waren echter niet in overeenstemming met wat zijn ouders hem geleerd hadden. Evenmin kwam zijn gesprek met Jezus, tijdens zijn bezoek aan hem toen hij achttien jaar was, overeen met deze verklaringen in de Schrift. Niettegenstaande deze verwarring, kreeg hij steeds wanneer hij zo van zijn stuk was, van zijn moeder de verzekering dat zijn verre neef Jezus van Nazaret de ware Messias was, dat hij gekomen was om op de troon van David te zitten, en dat hij (Johannes) zijn voorbode en voornaamste steunpilaar zou zijn.
Door alles wat Johannes hoorde over de verdorvenheid en goddeloosheid van Rome en over de losbandigheid en morele verwildering van het keizerrijk, door wat hij wist van de wandaden van Herodes Antipas en de landvoogden van Judea, was hij geneigd te geloven dat het einde van het tijdperk aanstaande was. Het scheen dit stoere, edele kind van de natuur toe dat de wereld rijp was voor het einde van het tijdperk van de mens en de dageraad van het nieuwe, goddelijke tijdperk—het koninkrijk des hemels. In het hart van Johannes groeide het gevoel dat hij de laatste van de oude profeten en de eerste van de nieuwe zou zijn. En hij trilde werkelijk van de steeds sterker wordende impuls om uit te gaan en aan alle mensen te verkondigen: ‘Kom tot berouw! Kom in het reine met God! Maak u gereed voor het einde; bereid u voor op het verschijnen van de nieuwe, eeuwige orde van aardse zaken, het koninkrijk des hemels.’