Dopo una malattia di alcuni mesi Zaccaria morì nel luglio dell’anno 12 d.C., quando Giovanni aveva appena compiuto diciotto anni. Questo fu un momento di grande imbarazzo per Giovanni, perché il voto di Nazireo proibiva il contatto con i morti, anche della propria famiglia. Sebbene Giovanni si fosse sforzato di conformarsi alle restrizioni del suo voto concernenti la contaminazione dai morti, dubitò di essere stato pienamente ubbidiente alle esigenze dell’ordine nazireo; perciò, dopo la sepoltura di suo padre, egli andò a Gerusalemme dove, nell’angolo nazireo del cortile delle donne, offrì i sacrifici richiesti per la sua purificazione.
In settembre di quest’anno Elisabetta e Giovanni fecero un viaggio a Nazaret per far visita a Maria e a Gesù. Giovanni aveva quasi deciso d’iniziare l’opera della sua vita, ma fu esortato, non solo dalle parole di Gesù ma anche dal suo esempio, a ritornare a casa per prendersi cura di sua madre e per aspettare la “venuta dell’ora del Padre”. Dopo aver salutato Gesù e Maria al termine di questa piacevole visita, Giovanni non rivide più Gesù fino all’evento del suo battesimo nel Giordano.
Giovanni ed Elisabetta ritornarono a casa loro e cominciarono a fare dei piani per il futuro. Poiché Giovanni rifiutava di accettare il sussidio del clero dovutogli dai fondi del tempio, in capo a due anni essi avevano quasi perso la loro casa; decisero così di dirigersi verso sud con il loro gregge di pecore. Di conseguenza, l’estate in cui Giovanni compì vent’anni vide il loro trasferimento ad Hebron. Nel cosiddetto “deserto della Giudea” Giovanni custodì le sue pecore lungo un torrente tributario di un corso d’acqua più grande che si gettava nel Mar Morto ad Engaddi. La colonia di Engaddi comprendeva non soltanto Nazirei consacrati a vita o per un periodo determinato, ma numerosi altri pastori ascetici che si riunivano in questa regione con i loro greggi e fraternizzavano con la comunità nazirea. Essi si mantenevano con l’allevamento delle pecore e grazie ai doni che Ebrei ricchi facevano all’ordine.
Con il passare del tempo Giovanni ritornò meno spesso ad Hebron, mentre fece visite più frequenti ad Engaddi. Egli era così completamente differente dalla maggioranza dei Nazirei che trovava molto difficile fraternizzare pienamente con la comunità. Ma era molto affezionato ad Abner, guida e capo riconosciuto della colonia di Engaddi.