Poiché Gesù era andato a nord in Galilea, Giovanni si sentì spinto a ritornare sui suoi passi verso sud. Di conseguenza, domenica mattina 3 marzo, Giovanni ed il resto dei suoi discepoli iniziarono il loro viaggio verso sud. Circa un quarto dei seguaci più vicini a Giovanni erano partiti nel frattempo per la Galilea in cerca di Gesù. C’era la tristezza della confusione in Giovanni. Egli non predicò più come faceva prima di battezzare Gesù. Sentiva in certo qual modo che la responsabilità del regno futuro non era più sulle sue spalle. Egli aveva l’impressione che la sua opera fosse quasi finita; era sconsolato e solo. Ma predicava, battezzava e proseguiva il suo cammino verso sud.
Giovanni si fermò parecchie settimane vicino al villaggio di Adam, e fu qui che lanciò il suo memorabile attacco contro Erode Antipa che aveva preso illegalmente la moglie di un altro uomo. Nel giugno di quest’anno (26 d.C.) Giovanni era tornato al guado di Betania sul Giordano, dove aveva iniziato la sua predicazione sul regno futuro più di un anno prima. Nelle settimane che seguirono il battesimo di Gesù, il carattere della predicazione di Giovanni era gradatamente cambiato nella proclamazione della misericordia per la gente comune, mentre denunciava con rinnovata veemenza i capi politici e religiosi corrotti.
Erode Antipa, nel cui territorio Giovanni stava predicando, si allarmò per timore che costui ed i suoi discepoli suscitassero una ribellione. Erode era anche risentito per le critiche pubbliche di Giovanni sui suoi affari familiari. In considerazione di tutto ciò Erode decise di mettere Giovanni in prigione. Di conseguenza, nelle prime ore del mattino del 12 giugno, prima dell’arrivo delle moltitudini per ascoltare la predicazione ed assistere al battesimo, gli agenti di Erode posero Giovanni in stato d’arresto. Poiché le settimane passavano ed egli non veniva rilasciato, i suoi discepoli si sparsero per tutta la Palestina; molti di loro andarono in Galilea per unirsi ai seguaci di Gesù.