Après une maladie de plusieurs mois, Zacharie mourut en juillet de l’an 12, alors que Jean venait d’avoir dix-huit ans. Jean fut très embarrassé, car le vœu du naziréat interdisait le contact avec les morts, même de sa propre famille. Bien que Jean se fût efforcé de se conformer aux astreintes de son vœu concernant la contamination par les morts, il doutait d’avoir pleinement obéi aux exigences de l’ordre naziréen. Après l’enterrement de son père, il se rendit donc à Jérusalem où, dans le coin naziréen de la cour des femmes, il offrit les sacrifices requis pour sa purification.
En septembre de cette année-là, Élisabeth et Jean firent un voyage à Nazareth pour rendre visite à Marie et à Jésus. Jean s’était à peu près décidé à entreprendre l’œuvre de sa vie, mais il fut rappelé, non seulement par les paroles de Jésus mais par son exemple, au devoir de rentrer au foyer, de prendre soin de sa mère et d’attendre la « venue de l’heure du Père ». Après avoir dit au revoir à Jésus et à Marie à la fin de cette agréable visite, Jean ne revit plus Jésus avant le jour de son baptême dans le Jourdain.
Jean et Élisabeth retournèrent chez eux et commencèrent à faire des projets d’avenir. Du fait que Jean refusait l’allocation des prêtres qui lui était due sur les fonds du temple, au bout de deux ans, ils n’eurent plus de quoi conserver leur foyer ; ils décidèrent donc de se diriger vers le sud avec leur troupeau de moutons. En conséquence, durant l’été où Jean eut vingt ans, ils déménagèrent pour aller à Hébron. Au lieu dénommé « désert de Judée », Jean garda ses moutons près d’un ruisseau tributaire d’un cours d’eau plus important qui se jetait dans la mer Morte à Engaddi. La colonie d’Engaddi comprenait non seulement des naziréens consacrés pour la vie ou pour une durée déterminée, mais de nombreux autres bergers ascétiques, qui se rassemblaient dans cette région avec leurs troupeaux et fraternisaient avec la confrérie des naziréens. Ils vivaient de l’élevage de leurs moutons et des dons que des Juifs fortunés faisaient à l’ordre.
Avec le temps, Jean retourna moins souvent à Hébron et fit des visites plus fréquentes à Engaddi. Il était si complètement différent de la majorité des naziréens qu’il trouvait très difficile de fraterniser pleinement avec leur confrérie. Mais il aimait beaucoup Abner, chef et dirigeant reconnu de la colonie d’Engaddi.