Yli kuudensadan vuoden ajan Juudean ja myöhemmin myös Galilean juutalaiset olivat olleet vihoissa samarialaisten kanssa. Tämä juutalaisten ja samarialaisten välinen kauna sukeutui seuraavalla tavalla: Noin seitsemänsataa vuotta eKr Assyrian kuningas Sargon oli muuatta kapinaa Keski-Palestiinassa tukahduttaessaan vienyt vankeuteen yli kaksikymmentäviisituhatta juutalaista Israelin kuningaskunnasta maan pohjoisosassa ja tuonut heidän tilalleen lähes saman verran kutilaisten, sefarvilaisten ja hamathilaisten jälkeläisiä. Myöhemmin Assurbanibal lähetti vielä muitakin siirtokuntia asuttamaan Samariaa.
Juutalaisten ja samarialaisten välinen uskonnollinen vihamielisyys oli perua ajoilta, jolloin edelliset palasivat Babylonian-vankeudesta ja samarialaiset koettivat estää Jerusalemin jälleenrakentamisen. Myöhemmin he loukkasivat juutalaisia antaessaan Aleksanterin armeijoille ystävällismielistä apua. Ystävyytensä palkaksi samarialaiset saivat Aleksanterilta luvan rakentaa Gerissimvuorelle temppelin, jossa he palvoivat Jahvea ja heimojumaliaan ja toimittivat uhrimenoja jokseenkin saman temppelipalvelusjärjestyksen mukaisesti, jota noudatettiin Jerusalemissa. He jatkoivat tätä palvontaa vähintäänkin makkabealaisaikaan saakka, jolloin Johannes Hyrkanos hävitti heidän temppelinsä Gerissimvuorelta. Kun apostoli Filippus Jeesuksen kuoleman jälkeen työskenteli samarialaisten parissa, hän piti monet kokoukset tämän muinaisen samarialaisten temppelin sijaintipaikalla.
Juutalaisten ja samarialaisten väliset ristiriita-asetelmat olivat ikivanhoja ja historiallisia. Aleksanterin ajoista lähtien heillä oli ollut keskinäistä kanssakäymistä yhä vähemmän. Kahdellatoista apostolilla ei ollut mitään sitä vastaan, että he saarnasivat Dekapoliin ja Syyrian kreikkalaisissa ja muissa gentiilikaupungeissa, mutta heidän lojaalisuutensa Mestaria kohtaan joutui lujalle koetukselle, kun tämä sanoi: ”Lähtekäämme Samariaan.” Mutta Jeesuksen kanssa viettämänsä runsaan vuoden aikana heissä oli kehittynyt eräänlainen henkilökohtainen lojaalisuus, joka ylitti jopa heidän uskonsa hänen opetuksiinsa ja heidän ennakkoluulonsa samarialaisia kohtaan.