Eräänä iltana Flaviuksen kotiin tuli tapaamaan Jeesusta muuan Nikodemus, juutalaisten sanhedrinin varakas ja iäkäs jäsen. Hän oli kuullut paljon tämän galilealaisen opetuksista, ja niin hän meni eräänä iltapäivänä kuuntelemaan, kun Jeesus opetti temppelipihoilla. Hän olisi halunnut mennä useamminkin kuuntelemaan Jeesuksen opetusta, mutta hän pelkäsi sellaista, että Jeesuksen opetusta seuraavat ihmiset näkevät hänet, sillä juutalaisten vallanpitäjät olivat jo nyt niin suuresti eri linjoilla Jeesuksen kanssa, ettei yksikään sanhedrinin jäsen halunnut tulla missään muodossa avoimesti häneen yhdistetyksi. Tämän vuoksi Nikodemus oli järjestänyt Andreaksen kautta asian siten, että hän tapaisi Jeesuksen yksityisesti juuri tänä iltana päivänlaskun jälkeen. Kun keskustelu alkoi, Pietari, Jaakob ja Johannes olivat Flaviuksen puutarhassa, mutta myöhemmin he kaikki menivät sisälle taloon, jossa mielipiteidenvaihto jatkui.
Ottaessaan Nikodemuksen vastaan Jeesus ei suonut hänelle mitään erityistä huomionosoitusta; Nikodemuksen kanssa keskustellessaan hän ei tehnyt mitään myönnytyksiä tai turvautunut mihinkään asiattomaan suostutteluun. Mestari ei millään tavoin pyrkinyt nolaamaan salamyhkäistä vierastaan, eikä hän myöskään turvautunut ivallisuuteen. Kaikissa kanssakäymisissään arvovieraan kanssa Jeesus oli tyyni, vakava ja oman arvonsa tietävä. Nikodemus ei ollut sanhedrinin virallinen valtuutettu, vaan hän tuli tapaamaan Jeesusta vain ja ainoastaan siksi, että hän tunsi henkilökohtaista ja vilpitöntä kiinnostusta Mestarin opetuksia kohtaan.
Flaviuksen esiteltyä Nikodemuksen tämä sanoi: ”Rabbi, tiedämme, että olet Jumalan lähettämä opettaja, sillä kukaan, joka on pelkkä ihminen, ei voisi sillä tavoin opettaa, ellei Jumala olisi hänen kanssaan. Ja minua haluttaisi tietää enemmän tulevaa valtakuntaa koskevista opetuksistasi.”
Jeesus vastasi Nikodemukselle: ”Totisesti, totisesti minä sanon sinulle, Nikodemus, ellei ihminen synny ylhäältä, hän ei voi nähdä Jumalan valtakuntaa.” Siihen Nikodemus vastasi: ”Mutta kuinka ihminen voi syntyä uudesti, kun hän on vanha? Eihän hän syntyäkseen voi toista kertaa äitinsä kohtuunkaan mennä.”
Jeesus sanoi: ”Siitäkin huolimatta sanon sinulle, että ellei ihminen synny hengestä, hän ei voi astua Jumalan valtakuntaan. Mikä lihasta syntyy, on lihaa, ja mikä hengestä syntyy, on henkeä. Mutta ei sinun sitä pitäisi ihmetellä, kun sanoin, että sinun pitää syntyä ylhäältä. Kun tuuli puhaltaa, kuulet lehtien havinan, mutta et näe tuulta—mistä se tulee tai minne se menee—, ja samoin on jokaisen hengestä syntyneen laita. Ruumiin silmin voit nähdä hengen ilmentymät, mutta itse henkeä et voi tosiasiallisesti erottaa.”
Nikodemus vastasi: ”Mutta en ymmärrä—miten sellainen voi olla mahdollista?” Jeesus sanoi: ”Voiko olla mahdollista, että olet opettaja Israelissa ja silti kaikesta tästä tietämätön? Siinä tapauksessa niiden asiana, jotka tietävät hengen realiteeteista, on tuoda nämä asiat julki niille, jotka näkevät vain aineellisen maailman ilmiöt. Mutta uskotko meitä, jos kerromme sinulle taivaallisista totuuksista? Nikodemus, onko sinulla rohkeutta uskoa sellaiseen, joka on laskeutunut taivaasta, peräti Ihmisen Poikaan?”
Ja Nikodemus sanoi: ”Mutta millä keinoin minä vähitellen saisin otteen tästä hengestä, jonka on määrä uudistaa minut valtakuntaanastumisen valmisteluna?” Jeesus vastasi: ”Jo nyt on taivaassa olevan Isän henki sisimmässäsi. Jos tahtoisit, että tämä korkeuksista oleva henki sinua johdattaa, niin hyvin pian alkaisit nähdä hengen silmin, ja sitten sinä varauksettoman ratkaisun hengen opastuksen hyväksi tehtyäsi syntyisit hengestä, sillä sen jälkeen ainoa elämisen tarkoituksesi olisi taivaassa olevan Isäsi tahdon täyttäminen. Ja näin sinä, kun havaitsisit syntyneesi hengestä ja olevasi onnellisesti Jumalan valtakunnassa, alkaisit päivittäisessä elämässäsi tuottaa runsaita hengen hedelmiä.”
Nikodemus oli läpikotaisen vilpitön. Jeesuksen sanat olivat tehneet häneen syvän vaikutuksen, mutta hän meni pois hämmennyksen vallassa. Nikodemuksella oli paljon hienoja saavutuksia itsensä kehittämisen, itsehillinnän ja jopa korkeiden moraalisten ominaisuuksien alalla. Hän oli hienostunut, egoistinen ja altruistinen; mutta hän ei osannut alistaa omaa tahtoaan jumalallisen Isän tahtoon sillä tavoin kuin pieni lapsi on valmis alistumaan viisaan ja rakastavan maisen isän opastukseen ja ohjaukseen, jotta hänestä sillä tavoin olisi todellisuudessa tullut Jumalan poika, ikuisen valtakunnan edistyvä perillinen.
Mutta Nikodemuksen onnistui kehittää riittävästi uskoa niin, että hän sai otteen valtakunnasta. Hän protestoi—tosin ei kovin voimallisesti—, kun hänen sanhedriniin kuuluvat virkaveljensä yrittivät tuomita Jeesuksen tätä kuulustelematta; ja myöhemmin hän yhdessä Joosef Arimatealaisen kanssa tunnusti rohkeasti uskonsa ja vaati saada haltuunsa Jeesuksen ruumiin, ja se tapahtui hetkenä, jolloin jopa useimmat opetuslapset olivat peloissaan paenneet Mestarinsa viimeisen kärsimyksen ja kuoleman näyttämöiltä.