Palatessaan opetuslastensa pariin (hänellä oli nyt kaksikymmentäviisi tai kolmekymmentä hänen seurassaan jatkuvasti pysyttelevää opetuslasta) Johannes tapasi heidät vakavaan neuvonpitoon syventyneinä keskustelemassa siitä, mitä hetki sitten Jeesuksen kasteen yhteydessä oli tapahtunut. Heidän hämmästystään lisäsi entisestään Johanneksen nyt heidän tietoonsa saattama tarina Gabrielin vierailusta Marian luona, ennen kuin Jeesus oli syntynyt, samoin kuin se, ettei Jeesus sanonut hänelle sanaakaan, edes silloin kun hän oli tälle tästä asiasta kertonut. Sinä iltana ei satanut, ja tämä kolmisenkymmentä henkilöä käsittänyt ryhmä jatkoi keskusteluaan pitkälle tähtikirkkaaseen yöhön. He ihmettelivät, minne Jeesus mahtoi mennä, ja milloin he taas näkisivät hänet.
Tuon päivän kokemuksen jälkeen Johanneksen saarnaamiseen tuli uusia ja varmuudesta kertovia, julistavia sävyjä, kun hän käsitteli tulevaa valtakuntaa ja odotettua Messiasta. Nämä neljäkymmentä odotuksen päivää Jeesuksen paluuta varrottaessa olivat piinallista aikaa. Mutta Johannes saarnasi edelleen, ja hän saarnasi voimallisesti, ja hänen opetuslapsensa alkoivat näihin aikoihin saarnata Johanneksen ympärille Jordanin rannalla kerääntyville valtaisille väkijoukoille.
Näiden neljänkymmenen odotuksen päivän kuluessa monet huhupuheet levisivät pitkin maaseutua ja jopa Tiberiaaseen ja Jerusalemiin saakka. Tuhannet tulivat nähdäkseen Johanneksen leirin uuden nähtävyyden, otaksutun Messiaan, mutta Jeesus ei ollutkaan nähtävillä. Johanneksen opetuslasten väittäessä, että tuo kummallinen Jumalan mies oli mennyt vuorille, monet epäilivät koko tarinaa.
Kolmisen viikkoa sen jälkeen, kun Jeesus oli poistunut heidän luotaan, tapahtumapaikalle Pellaan saapui Jerusalemin pappien ja fariseusten lähettämä uusi lähetystö. He kysyivät Johannekselta suoraan, oliko tämä Elia tai Mooseksen lupaama profeetta, ja Johanneksen sanoessa ”En ole”, heillä oli otsaa kysyä: ”Oletko sinä Messias?”, ja Johannes vastasi: ”En ole.” Silloin nämä Jerusalemista tulleet miehet sanoivat: ”Ellet ole Elia etkä profeetta etkä Messias, niin miksi kastat ihmisiä ja aiheutat kaiken tämän kohun?” Ja Johannes vastasi: ”Parempi olisi, jos ne, jotka ovat kuulleet minua ja jotka olen kastanut, itse kertoisivat, kuka minä olen, mutta sanon teille, että vaikka minä kastankin vedellä, keskuudessamme on ollut yksi, joka on tuleva takaisin kastaakseen teidät Pyhällä Hengellä.”
Nämä neljäkymmentä päivää olivat vaikea aika Johannekselle ja hänen opetuslapsilleen. Mikä olisi oleva Johanneksen suhde Jeesukseen? Keskustelun piiriin nousi sen sata kysymystä. Politiikka ja itsekäs eduntavoittelu alkoivat nousta esille. Messiaan ympärille rakennetuista erilaisista ideoista ja käsityksistä käytiin kiihkeitä keskusteluja. Tulisiko hänestä sotilasjohtaja ja Daavidin kaltainen kuningas? Löisikö hän Rooman armeijat, kuten Joosua oli lyönyt kanaanilaiset? Vai tulisiko hän perustamaan hengellisen valtakunnan? Johannes tuli vähemmistön mukana siihen tulokseen, että Jeesus oli mieluumminkin saapunut perustamaan taivaan valtakunnan, vaikkei hän omassa mielessään ollutkaan täysin selvillä, mitä tarkasti ottaen olisi sisällytettävä tähän tehtävään, jonka tavoitteena oli taivaan valtakunnan perustaminen.
Johannes koki nämä päivät erittäin rasittavina, ja hän rukoili, että Jeesus palaisi. Muutamat Johanneksen opetuslapset järjestivät etsintäpartioita lähetettäviksi Jeesuksen perään, mutta Johannes kielsi heitä sanoen: ”Meistä itse kenenkin aika on taivaan Jumalan käsissä; hän on ohjaava valittua Poikaansa.”
Oli varhainen sapattiaamun hetki, helmikuun 23. päivänä, kun aamuateriaansa nauttiva Johanneksen seurue katsahti ylös pohjoisen suunnalle ja näki Jeesuksen tulevan heitä kohti. Kun hän tuli lähemmäksi, Johannes nousi suurelle kivelle ja sointuvan äänensä korottaen sanoi: ”Katsokaa Jumalan Poikaa, maailman vapahtajaa! Tämä on hän, josta olen sanonut: ’Minun jälkeeni on tuleva yksi, joka asetetaan edelleni, siksi että hän oli ennen minua.’ Tämän asian vuoksi tulin autiomaasta saarnaamaan katumusta ja kastamaan vedellä, julistaen, että taivaan valtakunta on lähellä. Ja nyt tulee hän, jonka on määrä kastaa teidät Pyhällä Hengellä. Ja näin jumalallisen hengen laskeutuvan tämän miehen päälle ja kuulin Jumalan äänen julistavan: ’Tämä on rakastettu Poikani, joka on minulle suuresti mieleen.’”
Jeesus kehotti heitä palaamaan ateriansa ääreen istuutuen samalla itse aterioimaan Johanneksen kanssa, sillä hänen veljensä Jaakob ja Juuda olivat palanneet Kapernaumiin.
Seuraavan päivän aamuna hän lausui jäähyväiset Johannekselle ja tämän opetuslapsille ja palasi Galileaan. Hän ei antanut heille mitään lupausta siitä, milloin he taas näkisivät hänet. Johanneksen kysellessä omasta saarnaamisestaan ja tehtävästään Jeesus sanoi hänelle vain: ”Isäni on opastava sinua nyt ja vastaisuudessa niin kuin hän on tehnyt menneisyydessäkin.” Ja tuona aamuna Jordanin töyräillä nämä kaksi suurmiestä lähtivät omille teilleen, eivätkä he lihallisessa hahmossa enää koskaan tavanneet toisiaan.