Koska Jeesus oli lähtenyt pohjoiseen ja Galileaan, Johanneksesta tuntui, että hänen oli palattava omia jälkiään etelään. Niinpä Johannes jäljelle jääneine opetuslapsineen aloitti sunnuntaiaamuna, maaliskuun 3. päivänä, taivalluksensa kohti etelää. Noin neljännes Johanneksen läheisimmistä kannattajista oli tällä välin lähtenyt Jeesusta tavoitellen Galileaan. Johanneksessa näkyi hämmentyneisyydestä johtuva surumielisyys. Koskaan hän ei enää saarnannut niin kuin hän oli saarnannut ennen Jeesuksen kastamista. Jotenkin hänestä tuntui, ettei vastuu tulevasta valtakunnasta ollut enää hänen harteillaan. Hänestä tuntui, että hänen työnsä oli jo jotakuinkin tehty; hän oli lohduton ja yksinäinen. Mutta hän saarnasi, kastoi ja vaelsi eteenpäin kohti etelää.
Matkallaan Johannes pysähtyi useaksi viikoksi Adamin kylän läheisyyteen, ja juuri siellä hän unohtumattomalla tavalla peittosi puheissaan Herodes Antipaan siitä syystä, että tämä oli lakia rikkoen vienyt toisen miehen vaimon. Tämän vuoden (26 jKr) kesäkuulle tultaessa Johannes oli palannut takaisin sille Jordanin kahluupaikalle Betaniassa, jossa hän oli toista vuotta aikaisemmin ryhtynyt saarnaamaan tulevasta valtakunnasta. Jeesuksen kastamista seuranneina viikkoina Johanneksen saarnaamisen luonne muuttui vähitellen armon julistukseksi tavallisille ihmisille, samalla kun hän entistäkin kiivaammin tuomitsi turmeltuneet poliittiset ja uskonnolliset johtajat.
Herodes Antipas, jonka hallintoalueella Johannes oli saarnannut, alkoi pelätä, että Johannes ja tämän opetuslapset panisivat alulle kapinan. Herodesta närkästytti myös se, että Johannes arvosteli julkisesti hänen perhepiirinsä asioita. Kaikki nämä seikat huomioon ottaen Herodes päätti teljetä Johanneksen vankilaan. Niinpä Herodeksen asiamiehet pidättivät Johanneksen varhain kesäkuun 12. päivän aamuna, ennen kuin kansanjoukko ehti saapua kuulemaan julistusta ja katsomaan kastamista. Kun viikko toisensa perään kului eikä häntä päästetty vapaaksi, hänen opetuslapsensa hajaantuivat kaikkialle Palestiinaan, ja monet heistä menivät Galileaan liittyäkseen siellä Jeesuksen seuraajiin.