Da Johannes bei seiner Verhaftung im Süden Peräas wirkte, wurde er sofort ins Gefängnis der Festung Machärus gebracht, wo er bis zu seiner Hinrichtung eingekerkert blieb. Herodes herrschte sowohl über Peräa wie über Galiläa und residierte zu dieser Zeit in Julias sowie in Machärus in Peräa. In Galiläa war die offizielle Residenz von Sepphoris in die neue Hauptstadt Tiberias verlegt worden.
Herodes fürchtete, Johannes würde zu einem Aufstand aufrufen, wenn er ihn freiließe. Aber er befürchtete ebenfalls einen Volksaufstand in der Hauptstadt, wenn er ihn hinrichtete; denn Tausende von Peräern glaubten, dass Johannes ein heiliger Mann und Prophet war. Deshalb behielt Herodes den nasiräischen Prediger im Gefängnis, da er nicht wusste, was er sonst mit ihm anfangen solle. Mehrere Male war Johannes vor Herodes gewesen, aber er willigte nie ein, das Gebiet des Herodes zu verlassen oder sich im Falle einer Freilassung jeder öffentlichen Tätigkeit zu enthalten. Und dieser neue Wirbel um Jesus von Nazareth, der ständig zunahm, war eine Mahnung für Herodes, dass dies nicht der Augenblick war, Johannes freizulassen. Im Übrigen war Johannes auch ein Opfer des tiefen und erbitterten Hasses von Herodias, der gesetzeswidrigen Gemahlin des Herodes.
Bei zahlreichen Gelegenheiten sprach Herodes mit Johannes über das Königreich des Himmels, und obwohl ihn seine Botschaft manchmal nachhaltig beeindruckte, hatte er doch Angst, ihn aus dem Gefängnis zu entlassen.
Da in Tiberias immer noch viele Bauarbeiten im Gange waren, verbrachte Herodes einen beträchtlichen Teil seiner Zeit in seinen peräischen Residenzen, und er hatte eine Vorliebe für die Festung Machärus. Bis zur Fertigstellung aller öffentlichen Gebäude und der offiziellen Residenz in Tiberias sollte es noch mehrere Jahre dauern.
Zu seiner Geburtstagsfeier veranstaltete Herodes im Palast von Machärus für seine Hauptleute und andere hochrangige Regierungsbeamte von Galiläa und Peräa ein großes Fest. Da es Herodias nicht gelungen war, von Herodes den Tod des Johannes durch direktes Bitten zu erwirken, ging sie nun daran, Johannes durch einen listigen Plan umbringen zu lassen.
Im Verlauf der abendlichen Festlichkeiten und Vergnügungen ließ Herodias ihre Tochter vor den Gästen des Banketts tanzen. Herodes geriet über die Vorführung seiner Tochter in helles Entzücken, rief sie zu sich und sagte: „Du bist reizend. Ich bin sehr zufrieden mit dir. Heute an meinem Geburtstag kannst du mich um alles bitten, was du dir wünschest, und ich werde es dir geben, wäre es auch die Hälfte meines Königreichs.“ Als Herodes so handelte, stand er schon stark unter dem Einfluss von reichlich genossenem Wein. Die junge Frau trat zur Seite und fragte ihre Mutter, was sie sich von Herodes erbitten solle. Herodias sagte: „Geh zu Herodes und verlange das Haupt von Johannes dem Täufer.“ Und die junge Frau kehrte an die Festtafel zurück und sagte zu Herodes: „Ich bitte darum, dass du mir unverzüglich das Haupt von Johannes dem Täufer auf einem Tablett gibst.“
Herodes wurde von Angst und Trauer erfüllt, aber eingedenk seines Versprechens und wegen all jener, die mit ihm beim Mahle saßen, wollte er die Bitte nicht abschlagen. Und Herodes Antipas befahl einem Soldaten, hinzugehen und ihm den Kopf des Johannes zu bringen. So wurde Johannes in dieser Nacht im Gefängnis enthauptet. Der Soldat brachte das Haupt des Propheten auf einem Tablett und überreichte es der jungen Frau hinten im Festsaal. Und sie übergab das Tablett ihrer Mutter. Als die Jünger des Johannes davon erfuhren, kamen sie zum Gefängnis, um den Leichnam des Johannes zu holen. Nachdem sie ihn zu Grabe gelegt hatten, gingen sie zu Jesus und erzählten ihm alles.
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