När Johannes återvände till sina lärjungar (han hade nu omkring tjugofem till trettio som ständigt följde honom), fann han dem samlade till en allvarlig diskussion om vad som nyss hade hänt i samband med Jesu dop. De blev än mer förvånade när Johannes nu avslöjade för dem berättelsen om Gabriels besök hos Maria innan Jesus var född och även att Jesus inte sade ett enda ord till honom efter att han hade berättat det för Jesus. Det föll inget regn den kvällen, och denna grupp om drygt trettio personer samtalade länge in på den stjärnklara natten. De undrade vart Jesus hade gått, och när de skulle få se honom igen.
Efter denna dags upplevelser kom det nya och säkra toner av förkunnelse in i Johannes predikan om det kommande riket och den väntade Messias. Det var en spänd tid, dessa fyrtio dagar av väntan, väntan på att Jesus skulle återvända. Men Johannes fortsatte att predika med stor kraft, och hans lärjungar började ungefär vid denna tid predika för de väldiga folkmassor som samlades kring Johannes vid Jordanfloden.
Under dessa fyrtio dagar av väntan spred sig många rykten ut över den omgivande landsbygden och ända till Tiberias och Jerusalem. Tusentals människor kom för att se den nya attraktionen—som enligt ryktet var Messias—i Johannes läger, men man såg inte skymten av Jesus. När Johannes lärjungar påstod att denne märklige gudsman hade gått upp i bergen tvivlade mången på hela berättelsen.
Omkring tre veckor efter det att Jesus hade lämnat dem dök en ny deputation från prästerna och fariséerna i Jerusalem upp på scenen i Pella. De frågade Johannes direkt om han var Elia eller den profet som Moses hade utlovat, och när Johannes sade ”Nej, det är jag inte”, dristade de sig till att fråga: ”Är du Messias?” Johannes svarade: ”Nej, det är jag inte.” Då sade dessa män från Jerusalem: ”Om du inte är Elia, inte profeten och inte Messias, varför döper du då folket och åstadkommer all denna uppståndelse?” Johannes svarade: ”Det vore bättre om de som har hört mig och tagit emot dopet av mig skulle säga vem jag är, men jag säger er att medan jag döper med vatten, har det bland oss funnits en som skall återvända för att döpa er med den Heliga Anden.”
Dessa fyrtio dagar var en svår tid för Johannes och hans lärjungar. Vad skulle Johannes förhållande till Jesus bli? Ett hundratal frågor kom upp till diskussion. Politik och självisk strävan efter förmåner började framträda. Intensiva diskussioner uppstod kring de olika idéerna och uppfattningarna om Messias. Skulle han bli en militär ledare och en konung som David? Skulle han slå de romerska arméerna såsom Josua hade slagit kananéerna? Eller skulle han komma för att etablera ett andligt rike? Johannes var likt minoriteten närmast av den åsikten att Jesus hade kommit för att grunda himmelriket, fastän han inte i sitt sinne hade helt klart för sig vad denna mission att etablera himmelriket skulle omfatta.
Dessa var ansträngande dagar i Johannes liv, och han bad för att Jesus skulle återvända. Några av Johannes lärjungar organiserade rekognosceringspatruller för att leta efter Jesus, men Johannes förbjöd dem och sade: ” Vår tid är i den himmelske Gudens händer; han kommer att vägleda sin utvalde Son.”
Det var tidigt på sabbatsmorgonen den 23 februari då de som hade samlats kring Johannes, medan de åt sitt morgonmål, kastade en blick mot norr och såg Jesus komma emot dem. När han kom närmare stod Johannes upp på en stor sten höjde sin melodiska röst och sade: ”Se Guds Son, världens befriare! Det var om honom jag sade: ’Efter mig kommer en som har företräde framför mig, därför att han fanns före mig.’ Av denna orsak kom jag ut från vildmarken för att predika omvändelse, döpa med vatten och förkunna att himmelriket är nära. Och nu kommer den som skall döpa er med Helig Ande. Och jag såg den gudomliga anden sänka sig över denne man, och jag hörde Guds röst förkunna: ’Detta är min älskade Son, i vilken jag har funnit behag.’”
Jesus bad dem återgå till sin måltid samtidigt som han satte sig ned för att äta tillsammans med Johannes, ty hans bröder Jakob och Juda hade återvänt till Kafarnaum.
Tidigt nästa morgon sade han farväl till Johannes och hans lärjungar och återvände till Galiléen. Han gav dem inget löfte om när de igen skulle få se honom. Till Johannes som frågade om sin egen förkunnelse och uppgift sade Jesus endast: ”Min Fader skall vägleda dig nu och i framtiden liksom han har gjort i det förgångna.” Dessa två stormän skiljdes den morgonen på strandsluttningen vid Jordanfloden för att aldrig mer träffas i köttslig gestalt.