Den 17 augusti år 22 e.Kr. när Johannes var tjugoåtta år gick hans mor plötsligt bort. Elisabets vänner som kände till de begränsningar som gällde för nasirerna beträffande beröringen med de döda, till och med inom den egna familjen, vidtog alla arrangemang för Elisabets begravning innan de sände efter Johannes. När han fick budet om sin mors död gav han Ezra i uppdrag att driva sina flockar till Engedi och styrde själv färden mot Hebron.
När han återvände från sin mors begravning till Engedi skänkte han sina flockar till brödraskapet och drog sig för någon tid bort från yttervärlden medan han fastade och bad. Johannes kände endast till de gamla metoderna att närma sig gudomligheten. Han kände endast till uppteckningarna från sådana som Elia, Samuel och Daniel. Elia var hans profetideal. Elia var den förste av Israels lärare som betraktades om profet, och Johannes trodde uppriktigt att han skulle bli den siste i denna långa och lysande rad av himmelska budbärare.
I två och ett halvt års tid bodde Johannes i Engedi, och han övertygade de flesta inom brödraskapet om att ”tidsålderns slut var förestående”, att ”himmelriket var i antågande”. All hans tidiga undervisning byggde på den rådande judiska tanken och uppfattningen om Messias som den utlovade befriaren av det judiska folket från deras icke-judiska härskares välde.
Under hela denna period läste Johannes mycket i de heliga skrifter som han fann i nasirernas hemvist i Engedi. Han var särskilt imponerad av Jesaja och av Malaki, de sista profeterna fram till den tiden. Han läste om och om igen de fem sista kapitlen i Jesajas bok, och han trodde på dessa profetior. Sedan läste han ofta ur Malaki: ”Se, jag skall sända till er profeten Elia, innan Herrens stora och fruktansvärda dag kommer. Och han skall vända fädernas hjärtan till barnen och barnens hjärtan till deras fäder, så att jag inte skall komma och slå jorden med en förbannelse.” Det var endast detta Malakis löfte om att Elia skulle återvända som höll honom tillbaka från att gå ut och predika om det kommande riket och uppmana sina judiska medmänniskor att fly från den kommande vreden. Johannes var färdig att förkunna budskapet om det kommande riket, men hans väntan på att Elia skulle återkomma höll honom tillbaka i över två års tid. Han visste att han inte var Elia. Vad menade Malaki? Skulle profetian förstås bokstavligt eller symboliskt? Hur skulle han få veta sanningen? Han vågade slutligen tänka att eftersom den förste av profeterna hette Elia, så skulle även den sista till slut bli känd under samma namn. Det oaktat hyste han tvivel, tillräckligt tvivel för att hindra honom från att någonsin kalla sig Elia.
Det var inflytandet från Elia som fick Johannes att ta i bruk sina metoder att direkt och rakt på sak angripa sina samtidas synder och laster. Han försökte klä sig som Elia, och han försökte tala som Elia. I varje yttre aspekt var han lik den forne profeten. Han var just ett sådant stort och starkt och pittoreskt naturbarn, just en sådan orädd och modig rättfärdighetens predikare. Johannes var inte olärd—han var väl förtrogen med de judiska heliga skrifterna—men han var knappast kultiverad. Han var en klar tänkare, en kraftfull talare och en eldig fördömare. Han var knappast ett exempel för sin tidsålder, men han var en vältalig tillrättavisning.
Till slut tänkte han ut det sätt på vilket han skulle förkunna den nya tidsåldern, Guds rike. Han bestämde sig för att bli Messias härold. Han sopade undan alla tvivel och gav sig av från Engedi en dag i mars år 25 e.Kr. för att inleda sitt korta men lysande livsskede som offentlig predikare.