Efter att Sakarias hade varit sjuk i flera månader dog han i juli år 12 e.Kr., när Johannes nyss hade fyllt aderton år. Det var en mycket pinsam tid för Johannes emedan nasirlöftet förbjöd beröring av de döda, även inom den egna familjen. Fastän Johannes hade försökt följa de begränsningar som löftet ålade honom beträffande besmittelse från de döda, tvivlade han på att han helt hade följt nasirordens krav. Därför begav han sig efter sin fars begravning till Jerusalem och gjorde de offer som krävdes för hans renande i nasirernas hörna av kvinnornas tempelgård.
I september detta år företog Elisabet och Johannes en resa till Nasaret för att besöka Maria och Jesus. Johannes hade så gott som beslutat sig för att sätta igång med sitt livsverk, men han förmanades, inte endast av Jesu ord utan också av dennes exempel, att återvända hem, ta vård om sin mor och invänta ”ankomsten av Faderns stund”. Efter att ha sagt farväl till Jesus och Maria, när detta angenäma besök var till ända, träffade Johannes inte Jesus igen förrän vid det tillfälle då han döpte honom i Jordanfloden.
Johannes och Elisabet återvände till sitt hem och började göra upp planer för framtiden. Emedan Johannes vägrade att ta emot den prästlön som han hade rätt att få från tempelfonderna hade de efter två år så gott som förlorat sitt hem. Därför beslöt de att dra söderut med fårskocken, och följaktligen flyttade de till Hebron den sommar då Johannes var tjugo år. I den så kallade ”Judéens öken” vallade Johannes sina får längs en bäck som var en sidofåra till en större å som vid Engedi mynnade ut i Döda havet. Till kolonin vid Engedi hörde inte endast nasirer som hade vigt sig för livet eller för en viss tid, utan även talrika andra asketiska boskapsherdar som samlades i dessa trakter med sina hjordar och som umgicks med nasirernas brödraskap. De fick sitt uppehälle av fårskötsel och av gåvor som förmögna judar skänkte till orden.
När tiden gick återvände Johannes mer sällan till Hebron medan han oftare besökte Engedi. Han var så helt annorlunda än flertalet av nasirerna att han fann det mycket svårt att helt broderligt umgås med brödraskapet. Men han tyckte mycket om Abner, den erkände ledaren och huvudmannen för kolonin vid Engedi.