В долине, через которую протекал небольшой ручей, Иоанн построил не менее дюжины каменных укрытий и ночных загонов, устроенных из наваленных друг на друга камней, в которых он мог стеречь и охранять свои отары овец и коз. Жизнь пастуха оставляла Иоанну много свободного времени для размышлений. Он подолгу разговаривал с Ездой—осиротевшим мальчиком из Беф-цура, которого он в некотором роде усыновил и который присматривал за отарами, когда Иоанн отправлялся в Хеврон, чтобы навестить мать и продать овец, или посещал Ен-Геди для участия в субботних богослужениях. Иоанн и мальчик жили очень простой жизнью, питаясь бараниной, козьим молоком, диким медом и местными съедобными акридами. Этот обычный рацион дополняли продукты, которые время от времени доставлялись из Хеврона и Ен-Геди.
Елисавета держала Иоанна в курсе дел в Палестине и в мире, и в нем всё больше крепло убеждение в быстром приближении конца старого мира, а также в том, что ему предстояло стать глашатаем приближения новой эры—«царства небесного». Этот суровый пастух был особенно неравнодушен к писаниям пророка Даниила. Сотни раз перечитывал он описание возвышенного видения Даниила, которое, как говорил ему Захария, отражало историю великих царств мира—Вавилона, Персии, Греции и вплоть до Рима. Иоанн видел, что языковое и расовое многообразие Рима уже никогда не позволит ему превратиться в действительно прочную и нерушимую империю. Он полагал, что Рим уже разделился на Сирию, Египет, Палестину и другие провинции; он читал далее, что «в правление этих царей Бог небесный установит царство, которое никогда не будет разрушено. Царство это не будет передано другому народу, но сокрушит все эти царства и приведет их к концу, а само будет стоять вечно». «И дана ему была власть и слава и царство, чтобы все народы, племена и языки служили ему. Владычество его вечно, оно не прейдет, и царство его будет нерушимым». «Царство же и власть и величие царственное по всей поднебесной дано будет народу святых Всевышнего, чье царство вечно, и все властители будут служить и повиноваться ему».
Иоанну так и не удалось в полной мере справиться с путаницей, вызванной тем, что он узнал от своих родителей об Иисусе, а также этими отрывками из Писаний. Он читал у Даниила: «Видел я в ночных видениях кого-то, кто выглядел как Сын Человеческий и кто шел с облаками на небесах, и дана ему была власть и слава и царство». Однако эти слова пророка противоречили тому, чему его учили родители. Не соответствовал этим словам Писаний и его разговор с Иисусом во время их свидания, когда Иоанну было восемнадцать лет. Несмотря на эту путаницу, его мать всегда пыталась развеять сомнения своего сына, убеждая Иоанна в том, что его дальний родственник—Иисус Назарянин—является истинным Мессией, что он явился, дабы воссесть на трон Давида, и что ему (Иоанну) предстоит стать его предтечей и главной опорой.
На основании всего того, что Иоанн слышал о порочности и нечестивости Рима, развратности и моральной опустошенности империи, того, что ему было известно о злодеяниях Ирода Антипы и правителей Иудеи, он склонялся к вере в скорый конец эпохи. Этому суровому и благородному дитя природы казалось, что эпоха человека уже близится к своему закату и наступает рассвет новой и божественной эпохи—царства небесного. В своей душе Иоанн всё больше ощущал себя последним из старых пророков и первым из новых. И он буквально дрожал от желания выйти и провозгласить всем людям: «Покайтесь! Оправдайтесь перед Богом! Готовьтесь к концу; будьте готовы к установлению нового и вечного мирового порядка—царства небесного».