Захария умер после продолжавшейся несколько месяцев болезни, в июле 12 года н. э., вскоре после того как Иоанну исполнилось восемнадцать лет. Это событие привело Иоанна в сильное смятение, ибо обет назорея запрещал прикасаться к покойнику даже в своей собственной семье. Хотя Иоанн решил подчиниться ограничениям данного им обета и не осквернять себя покойником, он не был уверен в том, что выполнил все требования назореев. Поэтому после похорон своего отца он отправился в Иерусалим, где в отведенном для назореев углу женского двора принес жертвы, требуемые для очищения.
В сентябре этого года Елисавета и Иоанн совершили поездку в Назарет, чтобы навестить Марию и Иисуса. Иоанн почти уже решил приступить к делу своей жизни, однако не только слова Иисуса, но и его пример убедили его вернуться домой, чтобы заботиться о матери и дожидаться, когда «пробьет час для дела Отца». Иоанн, получивший большое удовольствие от этой поездки, распрощался с Иисусом и Марией. В следующий раз он встретился с Иисусом только при его крещении в Иордане.
Иоанн и Елисавета вернулись домой и начали составлять планы на будущее. Поскольку Иоанн отказался от пособия для священнослужителей, которое причиталось ему из средств храма, к концу второго года, фактически потеряв свой дом, они решили отправиться на юг вместе с отарой овец. Поэтому летом того года, когда Иоанну было двадцать лет, они переехали в Хеврон. В так называемой «пустыне Иудейской» Иоанн пас своих овец у ручья, питавшего более крупный водный поток, который впадал в Мертвое Море у Ен-Геди. Местная колония объединяла не только назореев пожизненного и временного посвящения, но и многих других пастухов-аскетов, собиравшихся в этих местах со своими отарами и общавшихся с назорейским братством. Они кормились разведением овец и подарками богатых евреев.
Со временем Иоанн стал реже возвращаться в Хеврон и всё чаще посещал Ен-Геди. Он настолько отличался от большинства назореев, что ему было трудно по-настоящему сдружиться с членами братства. Однако он очень полюбил Абнера—признанного вождя и главу колонии в Ен-Геди.