Поскольку Иисус отправился в Галилею, Иоанн чувствовал побуждение повернуть назад, на юг. Поэтому воскресным утром, 3 марта, Иоанн и оставшиеся ученики вышли на юг. Тем временем около четверти ближайших последователей Иоанна направились в Галилею в поисках Иисуса. Печаль и смущение охватили Иоанна. Он уже никогда не проповедовал так, как до крещения Иисуса. Какое-то чутье подсказывало ему, что ответственность за грядущее царство более не лежит на его плечах. Он чувствовал, что его труд подходит к концу. Он был безутешен и одинок. Однако он проповедовал, крестил и продолжал идти на юг.
Иоанн остановился на несколько недель неподалеку от деревни Адам, и именно здесь он выступил с достопамятной критикой Ирода Антипы за незаконное присвоение чужой жены. К июню этого года (26 года н. э.) Иоанн вернулся на переправу у Бетании. Больше года прошло с тех пор, как здесь, у этой переправы через Иордан, он впервые начал проповедовать грядущее царство. На протяжении нескольких недель после крещения Иисуса характер проповедей Иоанна постепенно менялся. Его призывы превратились в проповедь милосердия к простым людям, в то время как он с новой силой обличал продажных политических и религиозных правителей.
Ирод Антипа, на чьей территории Иоанн вел свои проповеди, стал опасаться, что Иоанн и его ученики поднимут восстание. К тому же Ирода возмущало то, что Иоанн во всеуслышание критиковал его семейные дела. Учитывая всё это, Ирод принял решение посадить Иоанна за решетку. Так, ранним утром 12 июня, до того как толпы людей собрались, чтобы услышать проповеди и увидеть крещение, Иоанн был арестован людьми Ирода. Шли недели, но Иоанн оставался в заточении. Его ученики разбрелись по всей Палестине, и многие из них отправились в Галилею, чтобы присоединиться к последователям Иисуса.