Przez ponad sześćset lat Żydzi z Judei, a później także z Galilei, byli wrogo usposobieni do Samarytan. Do tych animozji pomiędzy Żydami a Samarytanami doszło w następujący sposób: około siedemset lat p.n.e., Sargon, król Asyrii, po stłumieniu powstania w centralnej Palestynie, pojmał i wziął do niewoli ponad dwadzieścia pięć tysięcy Żydów z północnego królestwa Izraela, a na ich miejsce sprowadził niemalże taką samą liczbę potomków Kutytów, Sefarwaitów i Chamatytów. Później Assurbanipal nadal słał innych osadników, aby zamieszkali w Samarii.
Ta religijna wrogość, pomiędzy Żydami a Samarytanami, trwała od czasu powrotu tych pierwszych z niewoli babilońskiej, kiedy to Samarytanie próbowali przeszkodzić w odbudowie Jerozolimy. Później Samarytanie obrazili Żydów, okazując przyjazną pomoc wojskom Aleksandra. W zamian za ich przyjaźń, Aleksander dał Samarytanom pozwolenie na wybudowanie świątyni na górze Garizim, gdzie czcili Jahwe i swych plemiennych bogów oraz składali ofiary, przeważnie według obrządku Świątyni w Jerozolimie. Nadal prowadzili takie praktyki religijne co najmniej do czasu Machabeuszy, kiedy to Jan Hyrkanus zniszczył ich świątynię na górze Garizim. Apostoł Filip, podczas swej pracy dla Samarytan po śmierci Jezusa, miał wiele spotkań na miejscu tej starej, samarytańskiej świątyni.
Antagonizmy pomiędzy Żydami a Samarytanami były tradycyjne i historyczne; od czasów Aleksandra coraz mniej ich łączyło ze sobą. Dwunastu apostołów nie miało awersji do nauczania w greckich czy innych nieżydowskich miastach Dekapolu albo Syrii, ale był to dla nich poważny test lojalności wobec Mistrza, kiedy ten powiedział: „Pójdźmy do Samarii”. Jednak w okresie ponad roku, który spędzili z Jezusem, ukształtowali w sobie formę osobistej lojalności, która przewyższała nawet ich wiarę w jego naukę oraz ich uprzedzenia wobec Samarytan.