Pewnego wieczora przyszedł do domu Flawiusza Nikodem, bogaty i starszy członek żydowskiego Sanhedrynu, żeby się zobaczyć z Jezusem. Wiele słyszał o naukach Galilejczyka i jednego popołudnia poszedł go posłuchać, kiedy Jezus nauczał na dziedzińcach Świątyni. Chciałby chodzić częściej i słuchać tego, co uczył Jezus, ale się obawiał, że go zobaczą ludzie doglądający tego nauczania, ponieważ już wtedy istniały rozbieżności pomiędzy Jezusem a władcami żydowskimi w takim stopniu, że żaden członek Sanhedrynu nie chciał się otwarcie z nim utożsamiać. W związku z tym Nikodem zaaranżował, przez Andrzeja, spotkanie z Jezusem po zmierzchu tego właśnie wieczora. Piotr, Jakub i Jan byli w ogrodzie Flawiusza, kiedy zaczęła się ta rozmowa, ale później wszyscy przenieśli się do domu, gdzie kontynuowano dyskusję.
Przyjmując Nikodema, Jezus nie okazał mu szczególnego szacunku; podczas rozmowy z nim nie było kompromisów czy specjalnego przekonywania. Mistrz nie chciał odtrącić swojego, ukrywającego się gościa, ani także nie był sarkastyczny. W całym swoim postępowaniu z dystyngowanym gościem Jezus był spokojny, poważny i dostojny. Nikodem nie był oficjalnym wysłannikiem Sanhedrynu; przyszedł zobaczyć Jezusa tylko dlatego, że sam osobiście i szczerze interesował się nauką Mistrza.
Po tym, jak go Flawiusz przedstawił, Nikodem powiedział: „Rabbi, wiemy, że jesteś nauczycielem przysłanym przez Boga, gdyż zwyczajny człowiek nie mógłby tak nauczać, chyba, że jest z nim Bóg. Chciałbym dowiedzieć się więcej o twojej nauce odnośnie nadchodzącego królestwa”.
Jezus odpowiedział Nikodemowi: „Zaprawdę, zaprawdę powiadam ci Nikodemie, jeśli człowiek nie narodzi się z wysokości, nie może ujrzeć królestwa Bożego”. Wtedy rzekł mu Nikodem: „Jakże może się człowiek narodzić ponownie, kiedy jest stary? Nie może powtórnie wejść do łona matki swojej i urodzić się”.
Jezus powiedział: „Mimo wszystko, oświadczam ci, jeśli człowiek nie narodzi się z ducha, nie może wejść do królestwa Bożego. To, co się narodziło z ciała, ciałem jest, a to, co się narodziło z ducha, jest duchem. Nie dziw się, że ci powiedziałem—musisz narodzić się z wysokości. Kiedy wiatr wieje, słyszysz szum liści, ale nie widzisz wiatru—skąd przyszedł i dokąd leci—i tak jest z każdym narodzonym z ducha. Oczami ciała możecie ujrzeć przejawy ducha, ale naprawdę nie możecie dostrzec ducha”.
Nikodem odpowiedział: „Ale ja nie rozumiem—jakże to może być?”. Wtedy Jezus powiedział: „Może to być, że jesteś nauczycielem w Izraelu a przecież nieświadomy jesteś tego wszystkiego? Staje się więc obowiązkiem tych, którzy wiedzą o rzeczywistościach ducha, aby odkryli te sprawy tym, którzy dostrzegają tylko przejawy świata materialnego. Ale czy uwierzysz nam, jeśli powiemy ci niebiańskie prawdy? Czy masz odwagę, Nikodemie, uwierzyć w tego, który z nieba zstąpił—nawet w Syna Człowieczego”?
A Nikodem powiedział: „Ale jak mam posiąść tego ducha, który mnie przekształci, przygotowując do wejścia do królestwa?”. Jezus odrzekł: „Duch Ojca z nieba już zamieszkuje w tobie. Jeśli pozwolisz się poprowadzić temu duchowi z wysokości, wkrótce zaczniesz widzieć oczami ducha i wtedy, szczerze wybierając przewodnictwo ducha, będziesz narodzony w duchu i odtąd celem twojego życia będzie tylko wykonywanie woli twego Ojca, który jest w niebie. I tak widząc siebie narodzonego z ducha i szczęśliwego w Bożym królestwie, zaczniesz wydawać w swoim codziennym życiu obfite duchowe owoce”.
Nikodem był zupełnie szczery. Był pod głębokim wrażeniem słów Jezusa, ale odszedł zakłopotany. Nikodem zrobił postępy w samodoskonaleniu i powściągliwości, jak również miał wysokie zasady moralne. Był dystyngowany, egoistyczny i altruistyczny, ale nie wiedział jak podporządkować swoją wolę woli Boskiego Ojca, tak jak małe dziecko chce podporządkować się kierowaniu i prowadzeniu przez mądrego i kochającego, ziemskiego ojca; nie wiedział jak naprawdę stać się synem Boga, rozwijającym się dziedzicem wiecznego królestwa.
Jednak Nikodem zebrał wystarczającą ilość wiary, aby się uchwycić królestwa. Nieśmiało protestował, gdy jego koledzy z Sanhedrynu usiłowali potępić Jezusa bez wysłuchania; i razem z Józefem z Arymatei śmiało później potwierdził swoją wiarę i zażądał ciała Jezusa, nawet wtedy, gdy większość uczniów uciekła przestraszona ze sceny końcowego cierpienia i śmierci ich Mistrza.