Kiedy Jan wrócił do swoich uczniów (miał ich około dwudziestu pięciu lub trzydziestu, tych, co przebywali z nim teraz stale), zastał ich w trakcie żarliwej dyskusji, gdy omawiali zdarzenie, które przed chwilą nastąpiło, w związku z chrztem Jezusa. Wszyscy byli jeszcze bardziej zdziwieni, kiedy Jan wyjawił im historię odwiedzin Gabriela u Marii, zanim się Jezus urodził a także o tym, że Jezus nie odezwał się nawet słowem, gdy on mu o tym powiedział. Tego wieczora nie było deszczu i ta trzydziestoosobowa grupa, a może nawet większa, rozmawiała długo w gwiaździstą noc. Zastanawiali się, gdzie poszedł Jezus i kiedy go znowu zobaczą.
Po przeżyciach tego dnia do kazań Jana wkradły się nowe i pewniejsze nuty orędzia, dotyczącego nadchodzącego królestwa i oczekiwanego Mesjasza. Te czterdzieści dni oczekiwania na powrót Jezusa były okresem pełnym napięcia. Ale Jan wciąż nauczał z wielką mocą a jego uczniowie zaczęli mniej więcej w tym samym czasie głosić kazania do zalewających ich tłumów, które gromadziły się wokół Jana nad Jordanem.
Podczas tych czterdziestu dni oczekiwania wiele pogłosek krążyło po okolicy, a nawet w Tyberiadzie i w Jerozolimie. Tysiące ludzi przychodziło zobaczyć nową atrakcję w obozie Jana, rzekomego Mesjasza, ale nie ujrzeli Jezusa. Kiedy uczniowie Jana zapewniali, że ten dziwny Boży człowiek poszedł w góry, wielu zwątpiło w całą historię.
Około trzy tygodnie po odejściu Jezusa, przybyła z Jerozolimy do Pelli nowa delegacja od kapłanów i faryzeuszy. Zapytali Jana wprost, czy jest Eliaszem lub prorokiem, którego przyrzekł Mojżesz i wtedy Jan powiedział: „Ja nim nie jestem”, a oni odważyli się spytać: „Czy jesteś Mesjaszem?”, a Jan odpowiedział: „Ja nie jestem”. Wtedy ludzie z Jerozolimy powiedzieli: „Jeśli nie jesteś Eliaszem, nie jesteś prorokiem, ani też Mesjaszem, dlaczego więc chrzcisz ludzi i robisz całe to zamieszanie?”. A Jan odpowiedział: „Niech ci, którzy mnie słuchali i otrzymali chrzest, powiedzą, kim jestem, ale oświadczam wam, że kiedy ja chrzczę wodą, był pośród nas ten, który wróci i będzie chrzcił Duchem Świętym”.
Te czterdzieści dni były bardzo trudnym okresem dla Jana i jego uczniów. Jak będzie się Jan odnosił do Jezusa? Setki pytań postawiono w dyskusji. Zaczęło się pojawiać politykierstwo i samolubne wynoszenie się na stanowiska. Intensywne dyskusje nasilały się wokół różnych idei i koncepcji, dotyczących Mesjasza. Czy zostanie wojskowym przywódcą i królem, tak jak Dawid? Czy uderzy na rzymskie wojska, jak Jozue na Kanaanitów? Czy przyszedł zaprowadzić duchowe królestwo? Jan raczej zadecydował, razem z mniejszością, że Jezus przyszedł zaprowadzić królestwo nieba, jakkolwiek niezupełnie jasno rozumiał, co dokładnie miałaby oznaczać misja ustanowienia królestwa nieba.
W życiu Jana były to trudne dni i modlił się o powrót Jezusa. Niektórzy uczniowie Jana organizowali grupy zwiadowcze, chcieli iść i odszukać Jezusa, ale Jan zakazał im, mówiąc: „Nasze czasy są w rękach Boga nieba; on poprowadzi swojego wybranego Syna”.
Było to wczesnym, szabatowym rankiem, 23 lutego, kiedy towarzysze Jana, jedząc śniadanie, popatrzyli w kierunku północnym i ujrzeli nadchodzącego Jezusa. Gdy Jezus zbliżał się do nich, Jan stanął na wielkim kamieniu i podnosząc swój dźwięczny głos, powiedział: „Oto syn Boga, wybawiciel świata! To jest ten, o którym mówiłem, «Po mnie przyjdzie ten, który ma pierwszeństwo przede mną, ponieważ on był przede mną». Dlatego właśnie odszedłem z pustyni, żeby nauczać żalu za grzechy i chrzcić wodą, głosząc, że królestwo nieba jest na wyciągnięcie ręki. A teraz nadchodzi ten, który będzie was chrzcić Duchem Świętym. A ja ujrzałem Boskiego ducha, zstępującego na tego człowieka i usłyszałem głos Boga oznajmiający: «To jest mój syn umiłowany, którego sobie upodobałem»”.
Jezus kazał im wrócić do posiłku, podczas gdy sam usiadł, aby jeść z Janem; jego bracia Jakub i Juda już wrócili do Kafarnaum.
Następnego dnia, wczesnym rankiem, Jezus opuścił Jana i jego uczniów i wrócił do Galilei. Nie powiedział im, kiedy następny raz go zobaczą. Na pytania Jana o jego własne głoszenie kazań i misję, Jezus odpowiedział mu tylko: „Mój Ojciec poprowadzi cię teraz i w przyszłości, tak jak prowadził cię dawniej”. I tego ranka, tych dwóch wspaniałych ludzi rozeszło się na brzegu Jordanu, nigdy już więcej jeden drugiego nie pozdrowił w ciele.