Zachariasz zmarł w lipcu, roku 12 n.e., po kilkumiesięcznej chorobie, kiedy Jan właśnie skończył osiemnaście lat. Jan znalazł się wtedy w kłopotliwym położeniu, ponieważ śluby nazirejskie zabraniały mu kontaktu ze zmarłymi, nawet, jeśli byli członkami rodziny. Aczkolwiek Jan usiłował przestrzegać restrykcji ślubów, dotyczących skażenia przez zmarłego, miał wątpliwości, czy był w pełni posłuszny wymaganiom reguł nazireatu; dlatego też po pogrzebie ojca poszedł do Jerozolimy, gdzie w nazirejskim narożniku Dziedzińca Kobiet złożył ofiary, wymagane dla oczyszczenia.
We wrześniu tego roku Elżbieta z Janem wybrali się do Nazaretu, gdzie odwiedzili Marię i Jezusa. Jan prawie już miał zacząć swoją życiową działalność, jednak nie tylko pod wpływem słów Jezusa, ale także za jego przykładem, wrócił do domu, opiekował się matką i oczekiwał „przyjścia godziny Ojca”. Gdy na koniec tej radosnej wizyty Jan pożegnał się z Jezusem i Marią, nie zobaczył już Jezusa, aż dopiero w dniu jego chrztu w Jordanie.
Jan i Elżbieta wrócili do domu i zaczęli plany na przyszłość. Ponieważ Jan nie chciał przyjąć pensji kapłańskiej, należnej jemu z funduszy Świątyni, po upływie dwóch lat praktycznie stracili dom; dlatego też postanowili wyruszyć na południe, ze stadem owiec. Zatem Jan, gdy miał dwadzieścia lat, przeprowadził się z matką do Hebronu. Na tej, tak zwanej „Pustyni Judzkiej”, Jan prowadził swe owce wzdłuż strumienia, który był dopływem większego potoku, wpływającego do Morza Martwego w Engaddi. W kolonii Engaddi przebywali nie tylko nazirejczycy, konsekrowani na całe życie i na czas określony, ale także liczna grupa innych, ascetycznych pasterzy, którzy gromadzili się w tym regionie ze swymi stadami i bratali się ze wspólnotą nazirejczyków. Utrzymywali się z hodowli owiec i z podarunków, jakie bogaci Żydzi dawali temu zgromadzeniu.
Z biegiem czasu Jan coraz rzadziej wracał do Hebronu, podczas gdy coraz częściej odwiedzał Engaddię. Tak bardzo się różnił od większości nazirejczyków, że trudno mu było zbratać się ze wspólnotą. Bardzo jednak polubił Abnera, uznanego przywódcę i głowę kolonii w Engaddi.