Ponieważ Jezus poszedł na północ, do Galilei, Jan odczuł potrzebę przejścia swej trasy ponownie w kierunku południowym. Dlatego też, w niedzielę rano, 3 marca, Jan i reszta jego uczniów zaczęli iść na południe. W tym czasie, około jedna czwarta najbliższych zwolenników Jana wyruszyła do Galilei, szukać Jezusa. Wokół Jana zapanował smutek i dezorientacja. Nigdy już nie nauczał on tak, jak przed ochrzczeniem Jezusa. W jakiś sposób odczuł, że odpowiedzialność za nadchodzące królestwo nie spoczywa już na jego barkach. Czuł, że jego dzieło jest prawie skończone; był niepocieszony i osamotniony. Ale nauczał, chrzcił i szedł na południe.
Na kilka tygodni Jan pozostał w pobliżu wioski Adam i tutaj właśnie dokonał pamiętnego ataku na Heroda Antypasa, za nieprawne przywłaszczenie sobie żony innego mężczyzny. W czerwcu tego roku (26 n.e.), Jan wrócił na bród Jordanu, w Betanii, gdzie ponad rok temu zaczął głoszenie kazań o nadchodzącym królestwie. W tych tygodniach, które nastały po chrzcie Jezusa, charakter nauk Jana stopniowo się zmieniał; głosił on miłosierdzie dla pospolitych ludzi, podczas gdy demaskował z nową namiętnością skorumpowanych władców politycznych i religijnych.
Herod Antypas, na terytorium którego Jan głosił kazania, obawiał się, żeby Jan ze swymi uczniami nie wywołali rebelii. Herod był również rozgniewany publicznymi wystąpieniami Jana, krytykującymi jego sprawy rodzinne. Biorąc to wszystko pod uwagę, Herod postanowił wtrącić Jana do więzienia. W związku z tym, bardzo wcześnie rano, 12 czerwca, nim zebrał się tłum, aby słuchać głoszonych nauk i być świadkami chrztu, agenci Heroda aresztowali Jana. Gdy tygodnie upływały a Jan nie został zwolniony, uczniowie jego rozproszyli się po całej Palestynie, wielu z nich poszło do Galilei, aby przyłączyć się do uczniów Jezusa.