Johannes’ ervaringen in de gevangenis waren eenzaam en enigszins bitter. Slechts weinigen van zijn volgelingen mochten hem bezoeken. Hij verlangde ernaar Jezus te zien, maar moest zich tevreden stellen met wat hij hoorde over diens arbeid door diegenen van zijn volgelingen die in de Zoon des Mensen waren gaan geloven. Vaak kwam hij in de verleiding om aan Jezus en diens goddelijke zending te twijfelen. Indien Jezus de Messias was, waarom deed hij dan niets om hem uit deze ondraaglijke gevangenschap te bevrijden? Meer dan anderhalf jaar lang kwijnde deze ruige man uit Gods vrije natuur weg in deze verachtelijke gevangenis. En deze ervaring betekende een grote beproeving van zijn geloof in, en trouw aan Jezus. Deze hele ervaring was inderdaad een enorme beproeving van zijn geloof, zelfs in God. Vele malen kwam hij zelfs in de verleiding om aan de echtheid van zijn eigen missie en ervaring te twijfelen.
Toen hij verscheidene maanden in de gevangenis had doorgebracht, kwamen enkele discipelen bij hem en zeiden, na verslag te hebben uitgebracht over de activiteiten van Jezus in het openbaar: ‘Zo ziet ge, Leraar, dat het hem die bij u was aan de bovenloop van de Jordaan, goed gaat en dat hij allen ontvangt die tot hem komen. Hij viert zelfs feest met belastinginners en zondaren. Ge hebt moedig van hem getuigd en toch doet hij niets om uw bevrijding te bewerkstelligen.’ Maar Johannes antwoordde zijn vrienden: ‘Deze mens kan niets doen tenzij het hem door zijn Vader in de hemel wordt gegeven. Ge zult u zeker herinneren dat ik gezegd heb: “Ik ben de Messias niet, maar ik ben iemand die voor hem is uitgezonden om voor hem de weg te bereiden.” En dat heb ik gedaan. Hij die de bruid heeft, is de bruidegom, maar de vriend van de bruidegom, die erbij staat en naar hem luistert, verblijdt zich zeer over de stem van de bruidegom. Mijn vreugde is daarom vervuld. Hij moet wassen, ik moet minder worden. Ik ben van deze aarde en heb mijn boodschap verkondigd. Jezus van Nazaret komt van de hemel neer tot de aarde en staat boven ons allen. De Zoon des Mensen is nedergedaald van God en hij zal u de woorden Gods bekend maken. Want de Vader in de hemel geeft zijn eigen Zoon de geest niet met mate. De Vader heeft zijn Zoon lief en zal weldra alles in handen van de Zoon geven. Hij die in de Zoon gelooft, heeft het eeuwige leven. En deze woorden die ik tot u spreek, zijn waar en bestendig.’
Deze discipelen waren verbaasd over de uitspraak van Johannes, zozeer zelfs dat zij zwijgend heengingen. Johannes zelf was ook zeer geëmotioneerd, want hij zag in dat hij een profetie had geuit. Hij zou de missie en goddelijkheid van Jezus nooit meer geheel in twijfel trekken. Maar het was een bittere teleurstelling voor Johannes dat Jezus niets van zich liet horen, dat hij hem niet kwam opzoeken, en dat hij zijn grote macht niet aanwendde om hem uit de gevangenis te bevrijden. Jezus evenwel was van dit alles geheel op de hoogte. Hij koesterde een grote liefde voor Johannes, maar omdat hij zich nu bewust was van zijn goddelijke natuur en ten volle wist welke grote dingen Johannes stonden te wachten wanneer hij van deze wereld zou zijn heengegaan, en ook omdat hij wist dat Johannes’ werk op aarde ten einde was, dwong hij zichzelf om niet tussenbeide te komen in de natuurlijke afloop van de loopbaan van de grote prediker en profeet.
Deze lange onzekerheid in de gevangenis was menselijkerwijs ondraaglijk. Nog slechts enkele dagen voor zijn dood zond Johannes een paar vertrouwde boodschappers naar Jezus met de vraag: ‘Is mijn werk klaar? Waarom moet ik in de gevangenis wegkwijnen? Zijt ge waarlijk de Messias of moeten wij een ander verwachten?’ Toen de twee discipelen deze boodschap aan Jezus hadden overgebracht, antwoordde de Zoon des Mensen: ‘Ga terug naar Johannes en zeg hem dat ik hem niet ben vergeten, maar vraag hem mij ook dit te willen toestaan, want het betaamt ons alle rechtvaardigheid te vervullen. Vertel aan Johannes alles wat ge gezien en gehoord hebt—dat aan de armen het goede nieuws wordt gepredikt—en vertel de geliefde heraut van mijn missie op aarde ten slotte dat hij rijkelijk gezegend zal worden in het komende tijdperk, indien hij geen grond vindt om aan mij te twijfelen of aanstoot aan mij te nemen.’ Dit was het laatste bericht dat Johannes van Jezus ontving. Deze boodschap was hem een grote vertroosting en hielp hem zeer zijn geloof te stabiliseren en zich voor te bereiden op het tragische einde van zijn leven in het vlees, dat zo snel op deze gedenkwaardige gebeurtenis zou volgen.