몇 달 동안 병을 앓은 후에 사가리아는 서기 12년 7월에 세상을 떠났는데, 그 때 요한은 막 18세가 되었다. 나지르인의 서약 중에는 자신의 가족이라 할지라도 죽은 사람을 만지는 일이 금지되어 있었기 때문에 이 일로 요한은 매우 난처한 처지에 놓이게 되었다. 요한은 비록 죽은 자 때문에 몸이 더럽혀지는 것에 대하여 서약했던 규율을 따르려고 노력했음에도 불구하고, 자신이 나지르인 계층에서의 요구사항에 전적으로 복종했었는지 의문을 가졌다 아버지의 장례를 치른 후 예루살렘으로 가서 여인들의 정원에 있는 나지르인의 구역에 가서 자신의 정화(淨化)를 위하여 요구되는 희생물을 바쳤다.
이 해 9월에 엘리자벳과 요한은 마리아와 예수를 방문하러 나사렛으로 갔다. 요한은 그의 일생의 임무를 시작할 것을 바로 결심하려 하였지만, 예수가 말뿐만이 아닌 그의 행동으로 보인 본보기에 의해 깨달은 바가 있었기 때문에 집으로 돌아가서는 어머니를 보살피면서 “아버지의 때가 도래하기까지” 기다리기로 하였다. 이 즐거운 여행을 끝내고 예수와 마리아에게 작별한 이후로, 예수가 세례를 받으러 요단강에 나올 사건까지, 그들은 서로 다시 만나지 않았다.
요한과 엘리자벳은 집으로 돌아와 미래를 위한 계획들을 세우기 시작했다. 성전 기금으로부터 그에게 주어지는 사제의 수당을 받기를 요한이 거절하였기 때문에, 2년쯤 지난 후에는 그들의 집까지도 거의 처분해야 할 지경까지 이르게 되었다; 그래서 그들은 양떼를 거느리고 남쪽으로 내려가기로 결정하였다. 따라서 요한이 20세 되던 해 여름에 그들은 헤브론으로 이사하였다. 소위 “유대 광야”라고 불리는 곳에서, 요한은 엥게디로부터 사해로 합류하는 좀 더 큰 시냇물의 지류인 개울가를 따라 양을 쳤다. 엥게디 거류민단에는 종신 나지르인과 일시적으로 헌납된 나지르인뿐만 아니라, 가축 떼와 함께 이 지역에 모여서 나지르인 형제회와 형제우애를 가졌던 금욕하는 수많은 다른 목자(牧者)들이 살고 있었다. 그들은 양을 치는 일과, 부자 유대인이 그 계층에게 기증한 선물들로 생활을 유지하였다.
시간이 지남에 따라, 요한이 헤브론으로 돌아가는 횟수가 줄었고 반면 엥게디로의 출입이 늘어났다. 그는 대부분의 나지르인들과는 너무 달랐기 때문에 그로서는 그 형제회와 충분히 형제우애를 가지는 것이 매우 힘들었다. 그러나 그는 엥게디 거류민단의 유명한 영도자이며 우두머리인 아브너를 매우 좋아하였다.