그러나 헤롯의 감시자들도 가만히 보고 있지만은 않았다. 우르에서 사제들이 베들레헴을 방문했다는 보고를 받자, 헤롯은 그 갈대아인들을 자기 앞에 출두시켰다. 그는 이 현자들에게 새로운 “유대인의 왕”에 대해 자세히 캐물었지만, 그들은 인구조사에 응하러 남편을 따라 온 한 여인이 베들레헴에서 아기를 출산했다는 대답밖에 해 주지 않았다. 이 대답에 만족할 수 없었던 헤롯은, 그의 왕국은 세속적이 아닌 영적인 것이 될 것이라고 그들이 주장하였기 때문에, 그들에게 돈을 주어 보내면서, 헤롯 자신도 그 아기에게 가서 경배할 수 있도록 그 아기를 찾아 보고하라고 지도했다. 그러나 이 현자들이 다시 돌아오지 않자, 헤롯의 의심은 더 심해졌다. 그가 이 일들에 대해 마음속으로 숙고하고 있을 때, 그의 정탐꾼들이 돌아와서 성전에서 최근의 발생사건들에 대해 보고했으며, 예수의 속전(贖錢) 예식에서 시미온이 노래한 가사들 일부의 사본도 가져왔다. 그러나 그들은 요셉과 마리아를 추적하는 데 실패하였으며, 헤롯은 그 부부가 아기를 어디로 데리고 갔는지를 알아 내지 못하였으므로 그들에게 크게 화를 냈다. 그러고 나서 그는 요셉과 마리아를 찾도록 사람들을 보냈다. 헤롯이 나사렛에서 온 그 가족을 좇고 있다는 것을 알게 되자, 사가리아와 엘리자벳은 베들레헴에서 멀리 떨어져 있었다. 그 아기는 요셉의 친척들 집으로 숨겨졌다.
요셉은 일자리를 구하기가 두려웠으며, 따라서 그들의 얼마 안 되는 저축은 금방 바닥이 났다. 요셉은 성전에서 마리아의 정결 예식을 위해, 모세가 가난한 사람들에게 제정해 준 정결 제물 예법대로, 어린 비둘기 두 마리만 바쳤을 정도로 가난해 있었다.
1년이 넘은 후까지도 그의 정탐꾼들이 예수를 찾지 못하자, 아직도 아기가 베들레헴에 숨어있다고 의심하였기 때문에, 헤롯은 베들레헴의 모든 가정에 조직적인 조사를 실시해서 두 살 아래의 남자 아기들을 모두 살해하라는 명령을 내리고자 하였다. 헤롯은 이런 방법을 통해서라도, 장차 “유대인의 왕”이 될 아기를 없애고 싶었다. 그리하여, 유대 땅 베들레헴에서는 하루 동안에 열여섯 명의 남자 아기들이 살해되었다. 그러나 이런 음모와 살인은 헤롯의 궁내에서는 보통으로 일어나는 발생사건들이었으며, 심지어는 그의 직계 가족들에게도 해당되었다.
이 아기들의 집단적 살해는 예수가 겨우 한 살을 조금 넘었던 기원전 6년 10월 중순에 일어났다. 그러나 헤롯의 측근자들 중에도 도래할 메시아를 믿는 사람들이 있었고, 그들 중의 하나가 베들레헴에서의 아기 살해 계획을 사가리아에게 알려 주었으며, 그는 바로 요셉에게 메신저를 보냈고; 살해 사건이 있던 전날 밤에 요셉과 마리아는 아기를 데리고 베들레헴을 떠나 이집트에 있는 알렉산드리아로 떠났다. 그들은 사람들의 눈을 피하기 위하여 아무도 동행시키지 않고 예수만을 데리고 이집트로 여행하였다. 사가리아가 마련해 준 돈으로 그들은 알렉산드리아로 갔으며, 마리아와 예수가 요셉의 한 부유한 친척의 집에 머무르는 동안 요셉은 직접 일을 할 수 있었다. 그들은 꼬박 2년 동안 알렉산드리아에서 머물렀고, 헤롯이 죽을 때까지 베들레헴에 돌아가지 않았다.