A júdeai zsidók, és később a galileaiak is több mint hatszáz éven keresztül ellenséges viszonyban álltak a szamaritánusokkal. A zsidók és a szamaritánusok közötti neheztelés így alakult ki: Nagyjából Kr.e. hétszáz évvel Szargon, Asszíria királya, miután elfojtott egy felkelést Közép-Palesztinában, elhurcolt és fogságba vetett több mint huszonötezer zsidót Izráel északi királyságából és a helyükre csaknem egyenlő számban telepítette be a kutiak, a szefarvaiak és a hamatiak leszármazottait. Később Assur-bán-apli további telepeseket küldött Szamariába.
A zsidók és a szamaritánusok közötti vallási ellenségeskedés kezdete a zsidók babiloni fogságból való visszatérésének idejére tevődik, amikor a szamaritánusok azon igyekeztek, hogy megakadályozzák Jeruzsálem újjáépítését. Később azzal sértették meg a zsidókat, hogy baráti segítséget nyújtottak Alexandrosznak. Barátságuk fejében Alexandrosz engedélyezte a szamaritánusoknak, hogy templomot építsenek a Gerizim-hegyen, ahol Jahvét és a törzsi isteneiket imádták és áldozatokat mutattak be, sok tekintetben hasonlóan ahhoz, ahogy azt a jeruzsálemi templomi istentiszteletben végezték. Legalábbis így folytatták ezt az istenimádatot egészen a makkabeusok koráig, amikor Hirkánusz János lerombolta a Gerizim-hegyi templomukat. Fülöp apostol Jézus halála után, a szamaritánusoknál végzett munkája során sok összejövetelt tartott e régi szamaritánus templom helyén.
A zsidók és a szamaritánusok közötti ellentét igen régi és történelmi gyökerű volt; Alexandrosz korától fogva egyre kevesebb közük volt egymáshoz. A tizenkét apostol nem idegenkedett attól, hogy a Tízváros és Szíria görög és más nem-zsidó városaiban hirdesse a tant, de a Mesterük iránti hűségük komoly próbatételét jelentette, amikor a Mester azt mondta, hogy „Menjünk Szamariába”. De a Jézus mellett eltöltött több mint egy év alatt a személyes hűség olyan formáját alakították ki, mely túltett még a tanításaiba vetett hitükön és a szamaritánusokkal szembeni előítéleteiken is.