Az egyik este Fláviusz otthonába eljött meglátogatni Jézust egy bizonyos Nikodémusz, aki a zsidó Szanhedrin egyik tehetős, idős tagja volt. Nikodémusz már sokat hallott e galileai tanításairól, és ezért az egyik délutánon elment, hogy meghallgassa Jézust, amint a templomkertekben tanít. Gyakran elment volna meghallgatni Jézust, de attól félt, hogy az emberek meglátják, amint a tanításait hallgatja, mert a zsidók vezetői már olyannyira ellene voltak Jézusnak, hogy a Szanhedrin egyetlen tagja sem akarta, hogy bármilyen nyílt formában összefüggésbe hozzák vele. Ennek megfelelően Nikodémusz megbeszélte Andrással, hogy napszállta után titkon találkozik Jézussal ezen a különleges estén. Péter, Jakab és János Fláviusz kertjében tartózkodott, amikor a beszélgetés elkezdődött, de később mind bementek a házba, ahol a megbeszélés folytatódott.
Nikodémusz fogadásakor Jézus nem mutatott különös tiszteletet; a vele való beszélgetés során nem kapott szerepet a kiegyezés vagy az indokolatlan rábeszélés. A Mester nem tett kísérletet a titkos látogatója ledorongolására, és nem élt maró gúnnyal sem. A nem mindennapi látogatójával kapcsolatos minden dologban Jézus nyugodt, komoly és tiszteletet parancsoló volt. Nikodémusz nem a Szanhedrin hivatalos küldötteként jelent meg; azért jött el Jézushoz, mert személyesen és őszintén érdekelték őt a Mester tanításai.
Miután Fláviusz bemutatta, Nikodémusz így szólt: „Rabbi, tudjuk, hogy te Isten küldötte tanító vagy, mert ember nem tudna így tanítani, hacsak nincs vele az Isten. Én pedig többet szeretnék tudni az eljövendő országra vonatkozó tanításaidról.”
Jézus ezt válaszolta Nikodémusznak: „Bizony, bizony mondom neked, Nikodémusz, aki nem születik meg fentről, az nem láthatja meg az Isten országát.” Erre Nikodémusz így felelt: „Hogy születhet valaki újjá, amikor már öreg? Nem térhet vissza az anyja méhébe azért, hogy megszülessék.”
Jézus ezt mondta: „Én mégis kijelentem neked, hogy a szellemtől születettet kivéve, az ember nem megy be az Isten országába. Ami a húsvér testből születik, az húsvér test, és ami a szellemtől születik, az szellem. De ne csodálkozz azon, hogy azt mondtam, fentről kell születned. Amikor a szél fúj, hallod a levelek zizegését, de nem látod a szelet—hogy honnan jön és hova tart—és így van ezzel mindenki, aki a szellemtől született. A húsvér test szemével megfigyelheted a szellem megnyilatkozásait, de ténylegesen nem láthatod a szellemet.”
Nikodémusz ezt válaszolta: „De nem értem—hogyan lehetséges ez?” Jézus azt mondta: „Hát lehet az, hogy tanító vagy Izráelben és mégsem érted mindezt? Ezért válik azok kötelességévé, akik ismerik a szellem valóságait, hogy kinyilatkoztassák e dolgokat azok számára, akik csak az anyagi világ megnyilvánulásait érzékelik. De vajon hiszel-e majd nekünk, amikor a mennyei igazságokról beszélünk? Megvan-e a bátorságod, Nikodémusz, hogy higgy a mennyből küldöttnek, nevezetesen az Ember Fiának?”
Erre Nikodémusz azt mondta: „De hogyan fogjak hozzá e szellem megragadásához, melynek újjá kell teremtenie engem az országba való belépésre való felkészülés érdekében?” Jézus válasza ez volt: „A mennyei Atya szelleme már benned lakozik. Ha ez a fentről való szellem vezetne, akkor nagyon hamar látni kezdenél a szellem szemével, és azután a szellem-vezetés melletti őszinte választás révén megszületnél a szellemtől, hiszen az egyetlen életcélod az volna, hogy megcselekedd az Atyád akaratát, aki a mennyben van. Miután így megszülettél a szellemtől és örvendesz az Isten országában, elkezded bőségesen teremni a szellem gyümölcseit a napi életedben.”
Nikodémusz teljesen őszinte volt. Nagy hatást tett rá mindez, de összezavartan távozott. Nikodémusz kiválóan fel volt ruházva az önfejlesztés, az önuralom képességével és még felsőrendű erkölcsi jegyekkel is. Pallérozott, az önnön fontosságától eltelt és emberbaráti volt; de azt nem tudta, hogy miként vesse alá az akaratát az isteni Atya akaratának—mint ahogy a kisgyermek hajlandó alávetni magát a bölcs és szerető földi apa útmutatásának és vezetésének—hogy ezáltal valóságosan is az Isten fiává, az örökkévaló ország fejlődésképes örökösévé váljon.
De Nikodémusz elég hitet gyűjtött ahhoz, hogy megértse az ország mibenlétét. Gyengén tiltakozott, amikor a szanhedrinbeli társai meghallgatás nélkül akarták elítélni Jézust; és az arimateai Józseffel együtt később bátran megmutatta a hitét és felszólalt Jézus testének kiadásáért, amikor a tanítványok többsége már elmenekült félelmében a Mesterük végső szenvedésének és halálának helyszíneiről.