Miután János visszatért a tanítványaihoz (ekkorra már huszonöt-harmincan voltak, akik folyamatosan vele tartottak), komoly tanácskozásban találta őket, arról vitatkoztak, hogy mi is történt Jézus megkeresztelése esetében. Annál inkább meghökkentek, amikor János megosztotta velük Gábriel Máriánál, Jézus születését megelőzően tett látogatásának történetét, és azt is elmondta, hogy Jézus egy szót sem szólt, miután erről beszámolt neki. Azon az estén nem esett eső, és e harmincegynéhány fős csoport még sokáig beszélgetett a csillagfényes éjszakában. Azt találgatták, hogy vajon hová ment Jézus, és vajon mikor láthatják viszont.
Az e napi élményt követően János hitszónoklata új és meghatározott elemekkel bővült a közelgő ország és a várt Messiás vonatkozásában. Feszült időszak volt ez, a veszteglés negyven napja, amikor Jézus visszatértét várták. De János nagy erővel folytatta a tan hirdetését, és a tanítványai nagyjából ekkor kezdtek tanítani a gyülekező tömegeknek, akik Jánoshoz igyekeztek a Jordán partjára.
E negyvennapi várakozás folyamán számos mendemonda járta a vidéken, sőt Tibériásban és Jeruzsálemben is. Ezrek jöttek el, hogy megnézzék János táborában az új látványosságot, az állítólagos Messiást, de Jézus nem került elő. Amikor János tanítványai azt bizonygatták, hogy az Isten különös embere a hegyekbe ment, sokan kétségbe vonták az egész történetet.
Nagyjából három héttel azt követően, hogy Jézus otthagyta őket, a pellai színen megjelent a jeruzsálemi papok és farizeusok egy újabb küldöttsége. Egyenesen megkérdezték Jánostól, hogy vajon ő lenne-e Illés vagy a Mózes által ígért próféta; és amikor János azt mondta, hogy „Nem én vagyok”, azt kérdezték, „Te vagy a Messiás?” és János így válaszolt, „Nem én vagyok”. Ekkor azt mondták a Jeruzsálemből jött emberek: „Ha nem te vagy Illés, sem a próféta, sem a Messiás, akkor miért kereszteled meg az embereket és miért csinálsz ekkora felfordulást?” János erre így felelt: „Akik hallottak engem és elfogadták a keresztelésemet, azoknak kell megmondaniuk, hogy ki vagyok én, de kijelentem nektek, hogy míg én vízzel keresztelek, itt volt közöttünk valaki, aki visszatérvén a Szent Szellemmel fog megkeresztelni benneteket.”
E negyven nap nehéz időszak volt János és tanítványai számára. Milyen kapcsolatban áll majd János és Jézus? Százféle kérdést is megvitattak. Politikai és önző előrelépési igények is felmerültek. Komoly viták támadtak a Messiással kapcsolatos különféle eszmék és felfogások kapcsán. Vajon katonai vezető és dávidi király lesz? Vajon úgy szétveri majd a római seregeket, ahogy Jósua a kánaániakat? Vagy talán szellemi országot építeni jött? János inkább úgy gondolta, a kisebbséggel együtt, hogy Jézus azért jött, hogy megteremtse a mennyországot, bár azzal maga sem volt egészen tisztában, hogy mi is fogja a részét képezni a mennyország megalapításával kapcsolatos küldetésének.
János kimerítő napokat élt át, és imádkozott Jézus visszatéréséért. János tanítványai közül néhányan járőrcsoportok szervezésébe kezdtek, hogy felkutassák Jézust, ám János megtiltotta ezt, mondván: „Az időnk a mennyei Isten kezében van; ő irányítja a választott Fiát.”
Február 23-án, szombaton korán reggel történt, hogy a János társaságába tartozók, amint éppen a reggeli ételüket fogyasztották, észak felé tekintve megpillanthatták a feléjük közelítő Jézust. Ahogy Jézus közelebb ért, János egy nagy sziklára állt és a zengő hangját megemelve így szólt: „Nézzétek az Isten Fiát, a világ megszabadítóját! Ő az, akiről azt mondtam, »Jön majd utánam valaki, aki nálam kegyeltebb, mert énelőttem létezett ő«. Ez okból jöttem én ki a pusztából, hogy bűnbánatot hirdessek és vízzel kereszteljek, hirdetvén, hogy a mennyország közel van. És most itt jön az, aki a Szent Szellemmel keresztel meg benneteket. És láttam az isteni szellemet alászállni erre a férfira, és hallottam az Isten hangját, amint azt mondja, »Ez az én szeretett Fiam, akiben kedvem telik«”.
Jézus kérte őket, hogy folytassák az étkezést, s ő maga János mellé ült le enni, lévén, hogy Jakab és Júdás öccse már visszatért Kapernaumba.
Másnap kora reggel elbúcsúzott Jánostól és a tanítványaitól, s elindult vissza Galileába. Semmit sem mondott nekik arról, hogy mikor fogják viszontlátni. Jánosnak a maga feladatával és küldetésével kapcsolatos kérdéseire Jézus csak annyit mondott, „Vezéreljen az Atyám téged most és a jövőben, miként a múltban is tette.” E két nagyszerű férfi azon a reggelen elvált egymástól a Jordán partján, és a húsvér testben többé nem is látta egymást.