Au bout d’une dizaine d’années, Melchizédek organisa ses écoles à Salem en les modelant sur l’antique système développé par les premiers prêtres séthites du second Éden. Même l’idée de la dime, qui fut introduite par celui qu’il convertit plus tard, Abraham, dérivait aussi des traditions persistantes concernant les méthodes des anciens séthites.
Melchizédek enseigna le concept d’un Dieu unique, d’une Déité universelle, mais il permit au peuple d’associer cet enseignement au Père de la Constellation de Norlatiadek, qu’il appelait El Elyon – le Très Haut. Melchizédek garda à peu près le silence sur le statut de Lucifer et l’état des affaires sur Jérusem. Lanaforge, le Souverain du Système, eut peu à s’occuper d’Urantia avant que Micaël y eût achevé son effusion. Pour la majorité des étudiants de Salem, Édentia était le ciel, et le Très Haut était Dieu.
Le symbole des trois cercles concentriques, que Melchizédek adopta comme insigne de son effusion, fut interprété par la plupart des gens comme représentant les trois royaumes des hommes, des anges et de Dieu. Melchizédek les laissa persister dans cette croyance ; très peu de ses disciples surent jamais que ces trois cercles étaient emblématiques de l’infinité, de l’éternité et de l’universalité de la Trinité du Paradis, qui entretient l’univers et le dirige divinement. Même Abraham regardait plutôt ce symbole comme représentant les trois Très Hauts d’Édentia, car on lui avait appris que les trois Pères de la Constellation agissaient comme un. Dans la mesure où Melchizédek enseigna le concept de la Trinité symbolisé par son insigne, il l’associa généralement aux trois chefs Vorondadeks de la constellation de Norlatiadek.
Pour la troupe de ses partisans, il ne fit aucun effort pour présenter des enseignements dépassant le sujet du gouvernement des Très Hauts d’Édentia – les Dieux d’Urantia. Melchizédek enseigna toutefois à certains des vérités supérieures, y compris la conduite et l’organisation de l’univers local. Mais, à son brillant disciple Nordan le Kénite et à son groupe d’étudiants assidus, il enseigna les vérités du superunivers et même de Havona.
Les membres de la famille de Katro, chez qui Melchizédek vécut pendant plus de trente ans, connurent beaucoup de ces vérités supérieures et les perpétuèrent longtemps dans leurs familles, même jusqu’à l’époque de leur illustre descendant Moïse. Celui-ci se trouva ainsi en possession d’une tradition du temps de Melchizédek faisant autorité, car elle lui avait été transmise par la branche paternelle de ses ancêtres et aussi par d’autres sources touchant sa branche maternelle.
Melchizédek enseigna à ses disciples tout ce qu’ils étaient capables d’absorber et d’assimiler. Bien des idées religieuses modernes concernant le ciel et la terre, l’homme, Dieu et les anges ne sont pas très éloignées de ces enseignements de Melchizédek. Mais ce grand instructeur subordonna tout à la doctrine d’un Dieu unique, une Déité universelle, un Créateur céleste, un Père divin. Il insista sur cet enseignement pour faire appel à l’adoration humaine et préparer le chemin à l’apparition ultérieure de Micaël en tant que Fils de ce même Père Universel.
Melchizédek enseigna qu’à un moment donné dans l’avenir, un autre Fils de Dieu viendrait s’incarner comme lui-même, mais qu’il naitrait d’une femme ; c’est pourquoi de nombreux éducateurs ultérieurs soutinrent que Jésus était un prêtre, ou ministre « pour toujours selon l’ordre de Melchizédek ».
C’est ainsi que Melchizédek prépara la voie et établit le stade monothéiste de la tendance du monde pour l’effusion d’un véritable Fils Paradisiaque de ce Dieu unique qu’il décrivait d’une manière si vivante comme le Père de tous, et qu’il représenta à Abraham comme un Dieu acceptant les hommes sous la simple condition d’une foi personnelle. Quand Micaël apparut sur terre, il confirma tout ce que Melchizédek avait enseigné au sujet du Père du Paradis.