Les informateurs d’Hérode n’étaient pas inactifs. Quand ils lui rendirent compte de la visite des prêtres d’Ur à Bethléem, Hérode convoqua ces Chaldéens devant lui. Il s’informa soigneusement auprès de ces sages sur le nouveau « roi des Juifs », mais ils ne lui donnèrent guère satisfaction, expliquant que le bébé était né d’une femme qui était venue avec son mari à Bethléem pour le recensement. Hérode n’était pas satisfait de cette réponse, il les renvoya avec une bourse et leur ordonna de trouver l’enfant, afin que lui aussi aille l’adorer puisqu’ils avaient déclaré que son royaume devait être spirituel et non temporel. Les sages ne revenant pas, Hérode devint méfiant. Tandis qu’il retournait ces choses dans sa tête, ses informateurs revinrent et lui firent un rapport complet sur les récents incidents survenus au temple : ils lui apportèrent une copie de certaines parties du cantique de Siméon qui avait été chanté à la cérémonie du rachat de Jésus. Mais ils avaient omis de suivre Joseph et Marie. Hérode se mit fort en colère contre ses agents incapables de lui dire où le couple avait emmené l’enfant. Il envoya alors des enquêteurs chargés de dépister Joseph et Marie. Sachant qu’Hérode poursuivait la famille nazaréenne, Zacharie et Élisabeth restèrent éloignés de Bethléem. Le petit garçon fut caché chez des parents de Joseph.
Joseph craignait de chercher du travail, et ses maigres économies fondaient rapidement. Même au moment de la cérémonie de purification au temple, Joseph se jugea assez pauvre pour limiter à deux jeunes pigeons l’offrande de Marie, comme Moïse l’avait ordonné pour la purification des mères indigentes.
Lorsqu’après plus d’un an de recherches, les espions d’Hérode n’eurent pas retrouvé Jésus et comme on soupçonnait que le bébé était encore caché à Bethléem, Hérode prépara un décret ordonnant la fouille systématique de toutes les maisons de Bethléem et la mise à mort de tous les enfants mâles âgés de moins de deux ans. De cette manière Hérode espérait s’assurer que l’enfant destiné à devenir « le roi des Juifs » serait exterminé. C’est ainsi que seize bébés mâles périrent en un jour à Bethléem de Judée. Mais l’intrigue et le meurtre, même dans sa famille proche, étaient monnaie courante à la cour d’Hérode.
Le massacre de ces enfants eut lieu vers le milieu d’octobre de l’an 6 av. J.C., alors que Jésus était âgé d’un peu plus d’un an. Mais, même parmi les attachés à la cour d’Hérode, il y avait des gens qui croyaient à la venue du Messie, et l’un de ceux-ci, apprenant l’ordre de massacrer les enfants mâles de Bethléem, se mit en rapport avec Zacharie, qui, à son tour, envoya un messager à Joseph et, la nuit avant le massacre, Joseph et Marie quittèrent Bethléem avec l’enfant pour se rendre à Alexandrie en Égypte. Pour éviter d’attirer l’attention, ils voyagèrent seuls avec Jésus jusqu’en Égypte. Ils allèrent à Alexandrie avec les fonds procurés par Zacharie et, là, Joseph reprit son métier, tandis que Marie et Jésus logeaient chez des parents aisés de la famille de Joseph. Ils séjournèrent à Alexandrie pendant deux années entières et ne retournèrent à Bethléem qu’après la mort d’Hérode.
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