Useita kuukausia jatkuneen sairauden jälkeen Sakarias kuoli heinäkuussa vuonna 12 jKr Johanneksen ollessa vasta vähän yli kahdeksantoistavuotias. Johannekselle tämä aika oli perin hämmentävä, sillä nasiirilupaus kielsi koskemasta kuolleeseen, vaikka tämä olisi oman perheen jäsen. Vaikka Johannes oli koettanut noudattaa niitä lupauksensa asettamia rajoituksia, jotka koskivat itsensä saastuttamista kuolleeseen kajoamalla, hän epäili silti, oliko hän ollut täysin tottelevainen nasiiriyhteisön vaatimuksia kohtaan; siksi hän meni isänsä hautajaisten jälkeen Jerusalemiin, jossa hän naistenpihan nasiirinurkkauksessa toimitti vaaditut puhdistusuhrit.
Tuon vuoden syyskuussa Elisabet ja Johannes tekivät matkan Nasaretiin käydäkseen Marian ja Jeesuksen luona. Johannes oli jo miltei päättänyt lähteä liikkeelle elämäntyönsä merkeissä, mutta Jeesuksen lausumat sanat kuten myös hänen antamansa esimerkki kehottivat häntä palaamaan kotiin, pitämään huolta äidistään ja odottamaan ”Isän osoittaman hetken tulemista”. Jeesukselle ja Marialle tämän mieluisan vierailun päätteeksi hyvästit lausuttuaan Johannes tapasi Jeesuksen uudelleen vasta siinä tilanteessa, jolloin hän kastoi tämän Jordanissa.
Johannes ja Elisabet palasivat kotiinsa ja ryhtyivät laatimaan tulevaisuudensuunnitelmia. Koska Johannes kieltäytyi vastaanottamasta hänelle temppelirahastoista maksettavaa papin palkkiota, he olivat kahden vuoden kuluttua kotiaan lukuun ottamatta lähes puilla paljailla. Siksi he päättivätkin lähteä lammaskatraineen etelään. Ja niin he kesänä, jona Johannes oli kaksikymmentä, muuttivat Hebroniin. Niin sanotussa ”Juudean erämaassa” Johannes kaitsi lampaitaan erään puron rantamilla, joka oli Kuolleeseenmereen Eengedin luona laskevan suuremman virran sivuhaara. Eengedin siirtokuntaan kuului paitsi eliniäksi ja tietyksi ajaksi vihkiytyneitä nasiireja myös lukuisia sellaisia muita asketismia harjoittavia lammaspaimenia, jotka kokoontuivat katraineen näille tienoille ja jotka veljeilivät nasiiriyhdyskunnan kanssa. He saivat toimeentulonsa lampaankasvatuksesta sekä varakkaiden juutalaisten veljeskunnalle tekemistä lahjoituksista.
Aikaa myöten Johannes palasi Hebroniin yhä harvemmin käyden sen sijaan useammin Eengedissä. Hän poikkesi niin täydelleen nasiirien enemmistöstä, että hänen oli erittäin vaikea ylläpitää keskusteluyhteyttä veljeskuntaan. Mutta hän piti hyvin paljon Abnerista, Eengedin siirtokunnan tunnustetusta johtajasta ja päälliköstä.