Durante más de seiscientos años los judíos de Judea, y más tarde también los de Galilea, habían permanecido en enemistad con los samaritanos. Este sentimiento negativo entre los judíos y los samaritanos resultó de esta manera: unos setecientos años a. de J.C., Sargón, rey de Asiria, al aplastar una revuelta en la Palestina central, se llevó en cautiverio a más de veinticinco mil judíos del reino septentrional de Israel e instaló en su lugar un número casi igual de descendientes de los cutitas, sefarvitas y amatitas. Más adelante Asurbanipal envió otros grupos más de colonos a Samaria.
La enemistad religiosa entre los judíos y los samaritanos databa del retorno de aquellos del cautiverio en Babilonia; en esa ocasión, los samaritanos trataron activamente de prevenir la reconstrucción de Jerusalén. Más adelante ofendieron a los judíos porque ofrecieron ayuda a los ejércitos de Alejandro. En recompensa por su amistad, Alejandro dio permiso a los samaritanos para que construyeran un templo sobre el Monte Gerizim, donde adoraban a Yahvé y a sus dioses tribales y ofrecían sacrificios, todo esto muy en manera de los servicios del templo de Jerusalén. Continuaron practicando este culto hasta el tiempo de los macabeos, cuando Juan Hircano destruyó su templo en el Monte Gerizim. El apóstol Felipe, en su obra entre los samaritanos después de la muerte de Jesús, celebró muchas reuniones en el sitio de este viejo templo samaritano.
Los antagonismos entre los judíos y los samaritanos eran históricos, estaban sancionados por el tiempo; la separación entre los dos grupos había ido en aumento desde la época de Alejandro. Los doce apóstoles no eran contrarios a predicar en las ciudades griegas y en otras ciudades gentiles de la Decápolis y en Siria, pero fue para ellos una prueba difícil de su lealtad al Maestro cuando éste dijo, «vamos a Samaria». Sin embargo, durante más del año de convivencia con Jesús, habían desarrollado una lealtad personal que aun transcendía la fe de ellos en sus enseñanzas y los prejuicios contra los samaritanos.