Pero los espías de Herodes no estaban ociosos. Cuando le informaron acerca de la visita a Belén de los sacerdotes de Ur, Herodes mandó que estos caldeos aparecieran ante su presencia. Los interrogó diligentemente a estos hombres sabios acerca del nuevo «rey de los judíos», pero le proporcionaron muy poca satisfacción, explicando que el niño había nacido de una mujer venida a Belén con su marido para registrarse en el censo. Herodes, insatisfecho con esta respuesta, les despidió con una bolsa de dinero mandándoles que encontraran al niño, para que Herodes también pudiera adorarle, puesto que habían dicho que su reino sería espiritual y no temporal. Pero como estos hombres sabios no regresaron, Herodes entró en sospecha. Mientras pensaba en estos hechos, volvieron sus espías y le dieron un informe completo sobre los recientes acontecimientos en el templo, trayéndole una copia de parte de la canción que Simeón había cantado en las ceremonias de redención de Jesús. Pero no se les había ocurrido seguir a José y María. Herodes se enfadó con ellos cuando le dijeron que no sabían a dónde se había dirigido la pareja con el niño. Mandó que partieran espías para ubicar a José y María. Habiéndose enterado Zacarías y Elizabeth de que Herodes había mandado buscar a la familia de Nazaret, permanecieron alejados de Belén. Al mismo tiempo se ocultó al niño varón en la casa de unos parientes de José.
José tenía miedo de buscar trabajo, y sus pocos ahorros estaban desapareciendo rápidamente. Aun durante el tiempo de las ceremonias de la purificación en el templo, José se consideraba lo suficientemente pobre como para justificar su oferta de dos palomas jóvenes para la purificación de María, tal como Moisés había mandado para la purificación de las madres pobres.
Como después de más de un año de búsqueda, los espías de Herodes aún no habían ubicado a Jesús; y puesto que se sospechaba que el niño todavía estaba oculto en Belén, Herodes ordenó una búsqueda sistemática en todas las casas de Belén, y el asesinato de todos los niños varones de menos de dos años de edad. Así Herodes pensaba asegurar la destrucción del que sería al crecer el «rey de los judíos». Así perecieron en un día dieciséis niños varones en Belén de Judea. La intriga y el asesinato eran acontecimientos comunes en la corte de Herodes, aun dentro de su familia inmediata.
La matanza de estos infantes ocurrió a mediados de octubre del año 6 a. de J.C., cuando Jesús tenía poco más de un año de edad. Pero había creyentes en la venida del Mesías aun entre los miembros de la corte de Herodes, y uno de ellos, al enterarse de la matanza de los niños de Belén, se puso en contacto con Zacarías quien a su vez despachó un mensajero a José; la noche antes de la masacre José y María salieron con el niño de Belén, camino a Alejandría en Egipto. Para evitar atraer la atención, viajaron solos a Egipto con Jesús. Zacarías les dio el dinero necesario para ir a Alejandría, donde José trabajó de carpintero, María y Jesús se alojaron con parientes de la familia de José en buena situación económica. Así vivieron en Alejandría por dos años enteros, regresando a Belén tan sólo después de la muerte de Herodes.
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