Am 17. August 22 n. Chr. – Johannes war achtundzwanzig Jahre alt – verschied seine Mutter unerwartet. Die Freunde Elisabeths, die wussten, dass den Nasiräern sogar in der eigenen Familie der Kontakt mit Toten verboten war, trafen alle Vorkehrungen für die Bestattung Elisabeths, bevor sie nach Johannes sandten. Als er die Nachricht vom Tode seiner Mutter vernahm, wies er Ezda an, mit seinen Herden nach Engedi zu ziehen und machte sich nach Hebron auf.
Nach dem Begräbnis seiner Mutter ging er nach Engedi zurück, schenkte seine Herden der Bruderschaft und sonderte sich unter Fasten und Beten eine Zeitlang von der Außenwelt ab. Johannes kannte nur die alten Methoden, sich der Gottheit zu nähern; er kannte bloß die Aufzeichnungen von Männern wie Elija, Samuel und Daniel. Elija war sein Ideal eines Propheten. Elija war der erste Lehrer Israels, den man als Propheten betrachtete, und Johannes glaubte aufrichtig, er selber sei der letzte in dieser langen und erlauchten Reihe von Himmelsboten.
Zweieinhalb Jahre lang lebte Johannes in Engedi, und er überzeugte die meisten Mitglieder der Bruderschaft davon, dass „das Ende des Zeitalters unmittelbar bevorstehe“ und „das Königreich des Himmels in Kürze erscheinen werde“. All sein frühes Lehren basierte auf der landläufigen jüdischen Vorstellung vom Messias als dem versprochenen Befreier der jüdischen Nation von der Herrschaft der heidnischen Herren.
Während dieser ganzen Zeit las Johannes viel in den heiligen Büchern, die er am Sitz der Nasiräer in Engedi vorfand. Besonders beeindruckten ihn Jesaja und Maleachi, die bis dahin letzten der Propheten. Immer wieder las er die letzten fünf Kapitel aus Jesaja, und er glaubte an diese Prophezeiungen. Und dann las er in Maleachi: „Und siehe! Ich werde euch den Propheten Elija senden, bevor der große und furchtbare Tag des Herrn kommt; er wird die Herzen der Väter den Kindern zuwenden und die Herzen der Kinder den Vätern, ansonsten ich kommen und die Erde mit einem Fluch heimsuchen werde.“ Und es war einzig dieses Versprechen Maleachis, Elija werde wiederkehren, was Johannes davon abhielt auszuziehen, um vom kommenden Königreich zu predigen und seine jüdischen Mitbürger aufzurufen, dem bevorstehenden Zorn Gottes zu entrinnen. Johannes war bereit zur Verkündigung der Botschaft vom kommenden Königreich, aber diese Erwartung von Elijas Wiederkehr hielt ihn mehr als zwei Jahre lang zurück. Er wusste, dass er nicht Elija war. Was wollte Maleachi sagen? War die Weissagung wörtlich oder bildlich gemeint? Wie konnte er die Wahrheit wissen? Schließlich wagte er zu denken, da der erste Prophet Elija geheißen hatte, würde möglicherweise der letzte unter demselben Namen bekannt sein. Nichtsdestoweniger hatte er genügend Zweifel, die ihn für immer davon abhielten, sich selber Elija zu nennen.
Der Einfluss Elijas führte Johannes dazu, dessen Art der offenen und schonungslosen Anprangerung der Sünden und Laster seiner Zeitgenossen zu übernehmen. Er ahmte Elija in seiner Kleidung nach und bemühte sich, wie dieser zu sprechen. Äußerlich glich er dem alten Propheten in jeder Hinsicht. Er war ein ebenso robustes und malerisches Naturkind und ein ebenso unerschrockener und kühner Prediger der Rechtschaffenheit. Johannes war nicht ungebildet, kannte sich in den heiligen jüdischen Schriften gut aus, aber es fehlte ihm an Kultur. Er war ein klarer Denker, ein wortgewaltiger Redner und heftiger Ankläger. Er war seiner Zeit kaum ein Vorbild, aber ein sehr beredter Vorwurf.
Endlich dachte er sich einen Weg aus, um das neue Zeitalter, das Reich Gottes zu verkünden; er entschied, dass er zum Herold des Messias werden müsse, schob alle Zweifel beiseite und brach an einem Märztag des Jahres 25 n. Chr. von Engedi auf, um seine kurze, aber hervorragende Laufbahn als öffentlicher Prediger zu beginnen.