Nach einer Krankheit von mehreren Monaten verschied Zacharias im Juli des Jahres 12 n. Chr., als Johannes etwas über achtzehn Jahre alt war. Das waren für Johannes Tage großer Verlegenheit, da das nasiräische Gelübde jede Berührung mit den Toten, sogar in der eigenen Familie, verbot. Obwohl sich Johannes alle Mühe gegeben hatte, den Einschränkungen seines Gelübdes hinsichtlich der Befleckung durch die Toten nachzukommen, blieben ihm doch Zweifel, ob er den Anforderungen des Nasiräischen Ordens auch wirklich ganz gerecht geworden sei; deshalb begab er sich nach der Grablegung seines Vaters nach Jerusalem, wo er in der Nasiräer-Ecke des Frauenhofs die für die Reinigung erforderlichen Opfer darbrachte.
Im September dieses Jahres begaben sich Elisabeth und Johannes nach Nazareth zu Besuch bei Maria und Jesus. Johannes hatte sich so gut wie entschlossen, sein Lebenswerk zu beginnen; aber nicht nur Jesu Worte, sondern auch dessen Beispiel ermahnten ihn, nach Hause zurückzukehren, für seine Mutter zu sorgen und zu warten, „bis die Stunde des Vaters gekommen ist“. Nach dem Abschied von Jesus und Maria am Ende dieses erfreulichen Zusammenseins sah Johannes Jesus nicht wieder bis zu seiner Jordantaufe.
Johannes und Elisabeth kehrten nach Hause zurück und begannen, Pläne für die Zukunft zu schmieden. Da Johannes die einem Priester von der Tempelkasse zustehende Zuwendung ausschlug, waren sie nach zwei Jahren nahe daran, ihr Haus zu verlieren; also beschlossen sie, mit der Schafherde südwärts zu ziehen. So übersiedelten sie im Sommer, als Johannes zwanzig Jahre alt war, nach Hebron. In der so genannten „Wildnis von Judäa“ weidete er seine Schafe entlang einem Bach, der nach seiner Vereinigung mit einem größeren Wasserlauf bei Engedi ins Tote Meer einmündete. Die Kolonie von Engedi umfasste nicht nur Nasiräer auf Lebenszeit und solche, die zeitlich bemessene Gelübde abgelegt hatten, sondern auch zahlreiche andere asketische Hirten, die mit ihren Herden in dieser Gegend zusammenkamen und mit der Nasiräischen Bruderschaft fraternisierten. Sie lebten von der Schafzucht und von Gaben reicher Juden an den Orden.
Mit der Zeit kehrte Johannes weniger oft nach Hebron zurück, machte aber immer häufigere Besuche in Engedi. Er unterschied sich so gründlich von der Mehrzahl der Nasiräer, dass es ihm sehr schwer fiel, brüderlich mit der Gemeinschaft zu verkehren. Hingegen liebte er den als Führer und Oberhaupt der Kolonie anerkannten Abner sehr.