Eftersom Jesus hade gått mot norr in i Galiléen kände sig Johannes manad att återvända söderut den väg han hade kommit. Följaktligen på söndagsmorgonen den 3 mars påbörjade Johannes och återstoden av hans lärjungar vandringen mot söder. Omkring en fjärdedel av Johannes närmaste anhängare hade under tiden gett sig av till Galiléen för att söka upp Jesus. Det låg en förvirringens sorgsenhet över Johannes. Han predikade aldrig mer så som han hade gjort innan han döpte Jesus. På något sätt kände han att ansvaret för det kommande riket inte längre vilade på hans skuldror. Han kände att hans arbete nästan var till ända; han var tröstlös och ensam. Men han predikade, döpte och vandrade vidare söderut.
Johannes stannade i flera veckor nära byn Adam, och det var här han gjorde sitt minnesvärda angrepp på Herodes Antipas för att denne lagvidrigt hade tagit till sig en annan mans hustru. I juni detta år (26 e.Kr.) var Johannes tillbaka vid Jordanflodens vadställe vid Betania, där han hade börjat sin förkunnelse om det kommande riket över ett år tidigare. Under veckorna efter det att han hade döpt Jesus förändrades Johannes predikningar undan för undan till en förkunnelse om barmhärtighet för det vanliga folket samtidigt som han med förnyad häftighet fördömde de fördärvade politiska och religiösa ledarna.
Herodes Antipas, inom vars territorium Johannes hade hållit sina predikningar, började oroa sig för att Johannes och hans lärjungar skulle starta ett uppror. Herodes var också förnärmad över Johannes offentliga kritik av hans familjeangelägenheter. Med beaktande av allt detta beslöt Herodes att sätta Johannes i fängelse. Följaktligen arresterades Johannes av Herodes ombud tidigt på morgonen den 12 juni innan folkmassorna hade kommit för att höra honom predika och se honom döpa. Då veckorna gick och han inte frigavs skingrades hans lärjungar över hela Palestina, och många av dem begav sig till Galiléen för att ansluta sig till Jesu anhängare.