17 августа 22 года н. э., когда Иоанну было двадцать восемь лет, его мать скоропостижно скончалась. Друзья Елисаветы, зная о назорейских запретах на прикосновение к покойнику даже в своей собственной семье, сделали все приготовления к ее похоронам еще до того, как послали за Иоанном. Когда Иоанн получил известие о смерти матери, он распорядился, чтобы Езда перегнал его отары в Ен-Геди, и отправился в Хеврон.
Вернувшись в Ен-Геди с похорон своей матери, он передал свои отары братству и на время уединился для поста и молитвы. Иоанн знал только старые методы приближения к божественности; он знал только то, что писали об этом такие личности, как Илия, Самуил и Даниил. Идеалом пророка был для него Илия. Илия был первым из учителей Израиля, которого стали считать пророком, и Иоанн искренне верил в то, что ему было суждено стать последним в этом долгом и прославленном ряду небесных посланников.
Иоанн жил в Ен-Геди в течение двух с половиной лет, и он убедил большую часть братства в том, что «приблизился конец эпохи», что «грядет царство небесное». Всё его раннее учение было основано на современном ему иудейском представлении о Мессии как обещанном освободителе еврейского народа от господства иноверных правителей.
В течение всего этого периода Иоанн проводил много времени за чтением священных книг, найденных им в обиталище назореев в Ен-Геди. Особенно сильное впечатление произвели на него Исайя и Малахия—на то время последние из пророков. Он читал и перечитывал пять заключительных глав из Исайи, и он верил этим пророчествам. После этого он читал у Малахии: «Вот, я пошлю вам Илию пророка до наступления великого и страшного дня Господня; и он обратит сердца отцов к детям и сердца детей к отцам их, чтобы я не пришел и не поразил землю проклятием». Только это обещание Малахии о том, что Илия вернется, не давало Иоанну приступить к проповеди грядущего царства и призвать своих собратьев-евреев бежать от будущего гнева. Иоанн был готов возвещать приближение царства, однако в течение более чем двух лет его удерживало ожидание прихода Илии. Он знал, что не является Илией. Что имел в виду Малахия? Буквальным или образным было его пророчество? Как он мог узнать истину? Наконец, он решился поверить в то, что поскольку первого из пророков звали Илия, последний будет известен под тем же именем. Тем не менее, его не оставляли сомнения—сомнения достаточные для того, чтобы не позволить ему когда-либо называться Илией.
Именно под влиянием Илии Иоанн взял на вооружение его метод прямых и резких обличений грехов и пороков своих современников. Он пытался одеваться, как Илия, и он старался говорить, как Илия; по всем внешним признакам он напоминал древнего пророка. Он был таким же могучим и самобытным дитя природы, таким же бесстрашным и отважным проповедником праведности. Иоанн не был неграмотным—он хорошо знал священные книги евреев, однако он едва ли был культурным человеком. Он обладал ясным умом, был прекрасным оратором и пламенным обличителем. Он вряд ли являлся примером для своего времени, но он был его красноречивым упреком.
Наконец, он придумал способ провозглашения новой эры—царства Божьего: он решил, что ему суждено стать провозвестником Мессии. Отбросив все сомнения, в марте 25 года н. э. Иоанн покинул Ен-Геди, чтобы встать на свой короткий, но блистательный путь публичного проповедника.