Na een ziekte van verscheidene maanden stierf Zacharias in juli van het jaar 12 a.d., toen Johannes net achttien jaar was geworden. Deze gebeurtenis bracht Johannes in grote verlegenheid, aangezien de Nazireeër-gelofte verbood doden aan te raken, zelfs die van de eigen familie. Ofschoon Johannes getracht had de beperkingen in acht te nemen die hem door zijn gelofte waren opgelegd inzake het bezoedeld raken door de doden, betwijfelde hij of hij wel geheel had voldaan aan de verplichtingen van de orde der Nazireeërs. Daarom begaf hij zich na de begrafenis van zijn vader naar Jeruzalem, waar hij in de hoek van de voorhof der vrouwen, die voor de Nazireeërs bestemd was, de offers bracht die voor zijn reiniging vereist waren.
In september van dit jaar ondernamen Elisabet en Johannes een reis naar Nazaret om Maria en Jezus te bezoeken. Johannes was bijna zover dat hij besloten had een aanvang te maken met zijn levenswerk, maar zowel de woorden van Jezus als diens voorbeeld brachten hem ertoe naar huis terug te keren, voor zijn moeder te zorgen, en het ‘aanbreken van het uur van de Vader’ af te wachten. Nadat hij Jezus en Maria aan het eind van dit prettige bezoek vaarwel had gezegd, zag Johannes Jezus pas weer terug bij de gelegenheid van diens doop in de Jordaan.
Johannes en Elisabet keerden naar huis terug en begonnen plannen te maken voor de toekomst. Daar Johannes weigerde de toelage die hem toekwam uit de tempelfondsen voor de priesters te accepteren, waren zij na verloop van twee jaar hun huis nagenoeg kwijt, dus besloten zij met de kudde schapen naar het zuiden te trekken. Hun verhuizing naar Hebron vond bijgevolg plaats in de zomer toen Johannes twintig jaar werd. In de zo geheten ‘wildernis van Judea’ hoedde Johannes zijn schapen langs een beek, die uitkwam op een grotere rivier die bij Engedi in de Dode Zee uitmondde. De nederzetting te Engedi omvatte niet alleen Nazireeërs die voor het leven of tijdelijk in de orde waren opgenomen, maar ook talrijke andere ascetische herders die zich met hun kudden in deze streek verzamelden en vriendschappelijk met de broederschap der Nazireeërs omgingen. Zij voorzagen in hun levensonderhoud door het houden van schapen en door giften die welgestelde Joden aan de orde deden toekomen.
Naarmate de tijd verstreek, keerde Johannes minder vaak naar Hebron terug, terwijl zijn bezoeken aan Engedi steeds veelvuldiger werden. Hij was zo geheel verschillend van de meeste Nazireeërs, dat het hem erg moeilijk viel zich ten volle één te voelen met de broederschap. Hij was evenwel zeer gesteld op Abner, de erkende leider en het hoofd van de nederzetting te Engedi.