Aangezien Jezus in noordelijke richting Galilea was ingegaan, voelde Johannes zich geroepen op zijn schreden terug te keren en zuidwaarts te gaan. Aldus aanvaardde Johannes op zondagmorgen, 3 maart, samen met zijn overgebleven discipelen de tocht naar het zuiden. Ongeveer een kwart van de naaste volgelingen van Johannes was intussen naar Galilea vertrokken op zoek naar Jezus. Er hing een droefheid van verwarring om Johannes heen. Hij predikte nooit meer zoals vóór de doop van Jezus. Op de een of andere manier voelde hij dat de verantwoordelijkheid voor het komende koninkrijk niet langer op zijn schouders rustte. Hij voelde dat zijn werk bijna ten einde was: hij was troosteloos en eenzaam. Maar hij predikte, doopte en trok door in zuidelijke richting.
Verscheidene weken bleef Johannes in de buurt van het dorp Adam, en hier deed hij zijn gedenkwaardige aanval op Herodes Antipas die onwettig de vrouw van een andere man had genomen. Omstreeks juni van hetzelfde jaar ( a.d. 26 ), was Johannes weer terug bij dezelfde voorde van de Jordaan bij Betanië, waar hij meer dan een jaar tevoren met zijn prediking over het komende koninkrijk was begonnen. In de weken na de doop van Jezus veranderde de aard van Johannes’ prediking langzamerhand tot een verkondiging van genade voor de gewone mensen, terwijl hij met hernieuwde heftigheid de corrupte wereldlijke en godsdienstige heersers aanklaagde.
Herodes Antipas, in wiens gebied Johannes predikte, begon ongerust te worden dat Johannes en zijn volgelingen een oproer zouden veroorzaken. Herodes was ook gebelgd over het feit dat Johannes publiekelijk zijn huiselijke omstandigheden had bekritiseerd. Bijgevolg werd Johannes in de vroege morgen van de twaalfde juni door de agenten van Herodes gearresteerd, nog voordat de menigte arriveerde om zijn prediking aan te horen en het dopen bij te wonen. Toen er weken voorbijgingen en hij niet werd vrijgelaten, verspreidden zijn volgelingen zich over geheel Palestina, waarbij velen van hen zich naar Galilea begaven om zich aan te sluiten bij de volgelingen van Jezus.