요한이 자기 제자들(그 당시에 약 25-30 명가량의 그와 항상 함께 거주하던)에게 돌아왔을 때, 제자들이 예수의 세례와 관련되어 일어났던 일에 관해서 진지하게 토의하고 있는 것을 발견하였다. 이 때 요한이, 예수가 태어나기 전에 가브리엘이 마리아를 방문한 이야기를 그들에게 해주었을 때, 또한 그가 이 사실을 예수에게 말해 주었는데도 예수가 아무 말도 하지 않았다는 것을 말해 주었을 때, 그들은 더욱 더 놀라움을 금치 못하였다. 그 날 밤에는 비가 오지 않았으므로 30여명 되는 이 사람들은 별 빛 아래에서 밤늦도록 까지 이야기를 나누었다. 그들은 예수가 어디로 갔는지 그리고 언제 다시 그를 만날 수 있는지에 대해 궁금해 하였다.
이 날의 체험 이후에, 요한의 설교는 도래할 왕국과 기다리던 메시아에 관하여 새롭고도 확실하게 주장하는 입장을 취하였다. 예수가 돌아오기를 기다리던 이 40일 기간은 매우 긴장된 시간들이었다. 그러나 요한은 굉장한 힘을 가지고 설교를 계속하였으며, 이 무렵에는 요한을 둘러싸고 요단강에 모여드는 넘쳐흐르는 군중들에게 그의 제자들도 설교하기 시작하였다.
이렇게 40일 동안 기다리는 과정 속에서, 많은 소문들이 그 근방으로 퍼졌고, 그 소문들은 티베리아스와 예루살렘까지도 이르렀다. 많은 사람들이 요한의 야영지에 있다는 새로운 흥밋거리인, 메시아라고 일컬어지는 사람을 보려고 모여들었지만, 예수의 모습은 보이지 않았다. 요한의 제자들이 그 이상한 하느님의 사람이 산으로 갔다고 말하자, 많은 사람들은 그 이야기 전체를 의심하였다.
예수가 떠난 지 약 3주일 후에, 예루살렘의 사제들과 바리새인들의 새로운 대표단이 펠라에 도착하였다. 그들은 요한에게 그가 모세가 약속한 선지자인지 엘리야인지 직접적으로 물었다; 요한이 “나는 아니다.”라고 대답하자, 그들은 다시 “당신은 메시아인가?”라고 대담하게 물었고, 요한은 “나는 아니다.”라고 대답하였다. 그러자 예루살렘에서 온 이 사람들은 이렇게 말하였다: “당신이 만일 엘리야도 아니요 선지자도 아니요 메시아도 아니라면, 어찌하여 세례를 주며 이 모든 동요를 일으키느냐?” 그리고 요한은 이렇게 대답하였다: “나의 말을 듣고 나의 세례를 받아들인 자들을 위해서라면 내가 누구인지를 말하겠지만, 내가 너희들에게 분명히 말하겠는데, 나는 물로 세례를 주는 반면에, 너희를 성령으로 세례를 주실 우리중의 한 분이 돌아올 것이다.”
40일의 이 기간은 요한과 그의 제자들에게 어려운 시기였다. 예수에게 요한은 어떤 관계가 될 것인가? 수많은 질문들이 논의의 대상으로 제시되었다. 정치적 흥정과 이기적인 자리다툼도 모습을 드러내기 시작하였다. 메시아에 대한 여러 가지 관념들과 개념을 둘러싸고 심각한 논의들이 일어났다. 그가 집단의 영도자가 되어 다윗의 왕좌를 이을 것인가? 여호수아가 가나안-사람들을 취했던 것과 같이, 그는 로마 집단을 무찌를 것인가? 그렇지 않으면 영적 왕국을 세우러 올 것인가? 요한 자신도 하늘의 왕국의 설립에 관한 임무에 대하여 자기 마음을 확실하게 정하고 있지 못하였지만, 그는 오히려 예수가 하늘의 왕국을 세우기 위해 왔다는 소수 의견의 편에 서있었다.
이러한 날들은 요한의 체험에서 격렬한 나날들이었으며, 그는 예수가 돌아오기를 고대하고 있었다. 요한의 제자들 중에서 일부는 예수를 찾기 위한 정찰대를 조직하였으나, 요한은 말리면서 이렇게 말하였다: “우리의 때는 하늘의 하느님 손에 달려 있다; 하느님께서 그의 선택된 아들을 인도하실 것이다.”
2월 23일 안식일 이른 아침에, 요한의 무리들은 아침식사를 하는 중에 북쪽을 바라보다가 예수가 자기들에게 오고 계시는 것을 보았다. 그가 자기들에게 가까이 오자, 요한은 큰 돌 위에 올라서서 그의 우렁찬 음성으로 이렇게 외쳤다: “세상의 해방자이신 하느님의 아들을 보라! 내가 전에 말하기를, ‘내 뒤에 오실 분이 계시는데, 나보다 앞선 것은 그가 나보다 먼저 계심이라.’고 하였다. 이 때문에 내가 광야로부터 나와서 하늘의 왕국이 가까이 왔다는 것을 선포하며 너희들에게 회개하고 물로 세례를 받으라고 설교한 것이다. 그리고 이제 성령으로 세례를 주실 분이 오고 계시다. 나는 성령이 이 분 위에 강림하는 것을 보았고 하느님께서 ‘이는 내 사랑하는 아들이라. 내가 너를 기뻐하노라.’라고 선포하는 음성을 들었다.”
자신의 동생들인 야고보와 유다는 이미 가버나움으로 돌아가서 그 자리에 없었기 때문에, 예수는 요한과 둘이 앉아 식사를 하면서, 다른 사람들에게 식사를 계속하도록 지시하였다.
다음 날 아침 일찍, 예수는 요한과 그의 제자들을 떠나 갈릴리로 돌아가셨다. 그는 언제 다시 그들을 보게 될 것에 대해 아무 말씀도 없었다. 자신의 설교와 사명에 대한 요한의 질문에 예수는 단지 이렇게 말씀하였다: “나의 아버지가 이제까지 해 오신 것과 마찬가지로 현재에도 미래에도 너를 인도할 것이다.” 이들 두 위대한 사람들은 그 날 아침 요단강 강변에서 헤어졌으며, 육신으로서는 서로 다시 만나지 않았다.