Lorsque Jean revint vers ses disciples (il en avait maintenant vingt-cinq ou trente qui demeuraient constamment avec lui), il les trouva en sérieuse conférence, en train de discuter ce qui venait d’arriver en liaison avec le baptême de Jésus. Ils furent encore plus étonnés lorsque Jean leur apprit la visitation de Gabriel à Marie avant la naissance de Jésus, et le fait que Jésus ne lui avait pas répondu un mot quand il lui en avait parlé. Il ne pleuvait pas ce soir-là, et le groupe d’au moins trente personnes s’entretint longtemps dans la nuit étoilée. Les membres de ce groupe se demandaient où Jésus était allé et quand ils le reverraient.
Après l’expérience de ce jour, la prédication de Jean prit un nouveau ton de certitude dans ses proclamations concernant le royaume à venir et le Messie attendu. Ces quarante jours passés dans l’attente de Jésus furent une période de tension, mais Jean continuait à prêcher avec une grande puissance. À cette époque, ses disciples commencèrent aussi à prêcher aux foules débordantes qui se pressaient autour de Jean sur la rive du Jourdain.
Au cours de ces quarante jours d’attente, de nombreuses rumeurs se répandirent dans le pays, et même jusqu’à Tibériade et Jérusalem. Des milliers de personnes venaient au camp de Jean pour voir la nouvelle attraction, le prétendu Messie, mais Jésus n’était pas visible. Quand les disciples de Jean affirmaient que l’étrange homme de Dieu s’en était allé dans les montagnes, beaucoup de visiteurs mettaient toute l’histoire en doute.
Environ trois semaines après que Jésus les eut quittés, une nouvelle députation de prêtres et de pharisiens de Jérusalem arriva sur les lieux à Pella. Ils demandèrent directement à Jean s’il était Élie ou le prophète promis par Moïse, et, lorsque Jean leur dit « Je ne le suis pas », ils s’enhardirent jusqu’à lui demander : « Es-tu le Messie ? » Et Jean répondit : « Je ne le suis pas. » Alors, ces hommes de Jérusalem lui dirent : « Si tu n’es ni Élie, ni le prophète, ni le Messie, alors, pourquoi baptises-tu les gens et crées-tu toute cette agitation ? » Et Jean répliqua : « Il appartient à ceux qui m’ont entendu et ont reçu mon baptême de dire qui je suis, mais je vous déclare que, si je baptise d’eau, il y a eu quelqu’un parmi nous qui reviendra vous baptiser du Saint-Esprit. »
Ces quarante jours furent une période difficile pour Jean et ses disciples. Quels devaient être les rapports entre Jean et Jésus ? Cent questions surgirent à la discussion. La politique et les ambitions égoïstes commencèrent à faire leur apparition. Des discussions acharnées s’élevèrent autour des diverses idées et conceptions du Messie. Deviendrait-il un chef militaire et un roi comme David ? Frapperait-il les armées romaines comme Josué avait frappé les Cananéens ? Ou bien viendrait-il établir un royaume spirituel ? Jean se ralliait plutôt à l’avis de la minorité, que Jésus était venu établir le royaume des cieux, bien qu’il n’eût pas de notions tout à fait claires sur ce que devait comporter la mission d’établir le royaume des cieux.
Ce furent des journées ardues dans l’expérience de Jean, et il pria pour le retour de Jésus. Certains disciples de Jean organisèrent des groupes d’éclaireurs pour partir à la recherche de Jésus, mais Jean le leur interdit en disant : « Notre époque est entre les mains du Dieu du ciel ; il dirigera son Fils élu. »
Ce fut de bonne heure, le matin du sabbat du 23 février, que les disciples de Jean, qui prenaient leur repas du matin, en regardant vers le nord, virent Jésus venant vers eux. Pendant qu’il s’approchait, Jean monta sur un grand rocher, éleva sa voix sonore et dit : « Voici le Fils de Dieu, le libérateur du monde ! C’est de lui que j’ai dit : ‘Après moi, il en viendra un qui me sera préféré, car il existait avant moi.’ C’est pour cela que je suis sorti du désert afin de prêcher la repentance et baptiser d’eau en proclamant que le royaume des cieux est à portée de la main. Maintenant vient celui qui va vous baptiser du Saint-Esprit. J’ai vu l’esprit divin descendre sur cet homme et j’ai entendu la voix de Dieu déclarer : ‘Celui-ci est mon Fils bienaimé en qui j’ai trouvé mon plaisir.’ »
Jésus les pria de continuer leur repas et s’assit pour manger avec Jean, car ses frères Jacques et Jude étaient retournés à Capharnaüm.
Le lendemain matin de bonne heure, il prit congé de Jean et de ses disciples, et repartit pour la Galilée. Il ne leur donna aucune indication sur le moment où ils le reverraient. Aux demandes de Jean sur sa propre prédication et sa propre mission, il se borna à répondre : « Mon Père te guidera maintenant et dans l’avenir comme il l’a fait dans le passé. » Et ces deux grands hommes se séparèrent ce matin-là sur la rive du Jourdain pour ne jamais plus se revoir dans la chair.