Jean eut une expérience solitaire et quelque peu amère en prison. Peu de ses disciples étaient autorisés à lui rendre visite. Il désirait ardemment voir Jésus, mais dut se contenter d’entendre parler de son travail par ceux de ses propres disciples qui étaient devenus des croyants au Fils de l’Homme. Il était souvent tenté de douter de Jésus et de sa mission divine. Si Jésus était le Messie, pourquoi ne faisait-il rien pour le délivrer de cet intolérable emprisonnement ? Durant plus d’un an et demi, cet homme rude aimant l’air libre de Dieu languit dans une horrible geôle. Cette expérience fut une grande épreuve pour sa foi en Jésus et sa fidélité envers lui. En vérité, l’ensemble de cette aventure fut même une grande épreuve pour la foi de Jean en Dieu. Maintes fois, il fut tenté de douter de l’authenticité même de sa propre mission et de son expérience.
Après qu’il eut passé plusieurs mois en prison, un groupe de ses disciples vint le voir et, après lui avoir fait rapport sur les activités publiques de Jésus, lui dit : « Ainsi, Maitre, tu vois que celui qui était près de toi en amont du Jourdain prospère et reçoit tous ceux qui viennent vers lui. Il festoie même avec des publicains et des pécheurs. Tu as courageusement témoigné pour lui, et pourtant il ne fait rien pour obtenir ta délivrance. » Mais Jean répondit à ses amis : « Cet homme ne peut rien faire sans que cela lui ait été donné par son Père qui est aux cieux. Vous vous rappelez bien ce que j’ai dit : ‘Je ne suis pas le Messie, mais j’ai été envoyé avant lui pour lui préparer le chemin.’ C’est bien cela que j’ai fait. La fiancée appartient au fiancé, mais l’ami du fiancé qui se tient dans le voisinage se réjouit grandement d’entendre la voix du fiancé. C’est ainsi, ma joie est donc parfaite. Il faut que lui grandisse et que moi, je diminue. J’appartiens à cette terre et j’ai proclamé mon message. Jésus de Nazareth est venu du ciel sur la terre et il est au-dessus de nous tous. Le Fils de l’Homme est descendu d’auprès de Dieu, et ce sont les paroles de Dieu qu’il vous annoncera, car le Père qui est aux cieux ne mesure pas l’esprit qu’il donne à son propre Fils. Le Père aime le Fils et remettra bientôt toutes choses entre ses mains. Quiconque croit au Fils a la vie éternelle. Et les paroles que je prononce sont véritables et immuables. »
Ces disciples furent stupéfaits à un tel point de la déclaration de Jean qu’ils partirent en silence. De son côté, Jean était fort agité, car il percevait qu’il venait d’émettre une prophétie. Jamais plus il ne douta complètement de la mission et de la divinité de Jésus, mais il était affreusement déçu que Jésus ne lui fasse rien dire, ne vienne pas le voir et n’exerce aucun de ses grands pouvoirs pour le délivrer de la prison. Or, Jésus était au courant de tout ceci. Il avait beaucoup d’amour pour Jean, mais il se rendait maintenant compte de sa nature divine, et connaissait pleinement les grands évènements qui se préparaient pour Jean quand il quitterait ce monde. Sachant également que l’œuvre terrestre de Jean était achevée, il se contraignit à ne pas intervenir dans l’aboutissement naturel de la carrière de ce grand prédicateur-prophète.
Cette longue incertitude en prison était humainement intolérable. À peine quelques jours avant sa mort, Jean envoya de nouveau à Jésus des messagers de confiance pour lui demander : « Mon travail est-il fait ? Pourquoi dois-je languir en prison ? Es-tu vraiment le Messie ou devons-nous en chercher un autre ? » Lorsque les deux disciples eurent remis le message à Jésus, le Fils de l’Homme répondit : « Retournez vers Jean et dites-lui que je n’ai pas oublié, mais qu’il supporte encore cela, car il convient que nous accomplissions tout ce qu’impose la droiture. Dites à Jean ce que vous avez vu et entendu – que la bonne nouvelle est prêchée aux pauvres – et, finalement, dites au bienaimé précurseur de ma mission terrestre qu’il sera abondamment béni dans l’âge à venir s’il ne lui arrive pas de douter ou de trébucher à propos de moi. » Ce fut la dernière communication que Jean reçut de Jésus. Ce message le réconforta grandement et contribua beaucoup à stabiliser sa foi et à le préparer à la fin tragique de sa vie dans la chair, fin qui devait suivre de si près ce jour mémorable.