Elokuun 17. päivänä vuonna 22 jKr Johanneksen ollessa kahdenkymmenenkahdeksan vuoden ikäinen hänen äitinsä siirtyi yllättäen rajan taa. Elisabetin ystävät, jotka olivat tietoisia nasiireja koskevista rajoituksista sikäli, etteivät nämä saaneet joutua kosketuksiin kuolleiden kanssa silloinkaan, kun kysymys oli omasta perheenjäsenestä, suorittivat kaikki järjestelyt Elisabetin hautaamiseksi, ennen kuin lähettivät ketään pyytämään Johannesta paikalle. Saatuaan tiedon äitinsä kuolemasta Johannes määräsi Ezdan ajamaan hänen katraansa Eengediin ja lähti itse Hebroniin.
Palattuaan äitinsä hautajaisista Eengediin Johannes lahjoitti laumansa veljeskunnalle ja vetäytyi joksikin aikaa pois ulkoisesta maailmasta, samalla kun hän paastosi ja rukoili. Johannes tunsi vain vanhat keinot lähestyä jumaluutta, sillä hän tiesi vain, mitä Elia, Samuel ja Daniel olivat asiasta kirjoittaneet. Elia oli hänen profeettaihanteensa. Elia oli Israelin opettajista ensimmäinen, jota pidettiin profeettana, ja Johannes uskoi vilpittömästi, että hänen oli määrä olla tämän taivaallisten sanansaattajien pitkän ja maineikkaan rivistön viimeinen.
Kahden ja puolen vuoden ajan Johannes asui Eengedissä, ja hän sai useimmat veljeskunnan jäsenistä vakuuttumaan siitä, että ”aikakauden päättyminen oli lähellä”, että ”taivaan valtakunta olisi kohta ilmaantuva”. Ja koko hänen alkuaikojen opetuksensa perustui vallalla olleeseen juutalaiseen ajatukseen ja käsitykseen Messiaasta juutalaisen kansanheimon luvattuna vapahtajana, joka vapauttaisi juutalaiset ei-juutalaisten vallanpitäjäin herruudesta.
Koko tämän jakson ajan Johannes luki paljon nasiirien Eengedin-kodista löytämiään pyhiä kirjoituksia. Häneen vaikutti erityisesti Jesaja, mutta myös Malakia, joka oli siihenastisista profeetoista viimeinen. Hän luki lukemasta päästyään Jesajan kirjan viittä viimeistä lukua, ja hän uskoi näihin profetioihin. Sitten hän tapasi lukea Malakian kirjasta: ”Katso, minä lähetän teille profeetta Elian, ennen kuin tulee Herran päivä, se suuri ja peljättävä; ja hän on kääntävä isien sydämet lasten puoleen ja lasten sydämet heidän isiensä puoleen, etten minä tulisi ja löisi maata ja vihkisi sitä tuhon omaksi.” Ja vain tämä Malakian lupaus Elian paluusta pidätti Johannesta lähtemästä saarnaamaan tulevasta valtakunnasta ja kehottamaan juutalaisia kanssaihmisiään pakenemaan vihaa, joka olisi tulossa. Johannes oli valmis julistamaan sanomaa tulevasta valtakunnasta, mutta tämä Elian saapumisen odotus pidätteli häntä yli kahden vuoden ajan. Hän tiesi, ettei hän ollut Elia. Mitä Malakia tarkoitti? Oliko profetia ymmärrettävä kirjaimellisesti vai kuvaannollisesti? Miten hän saisi selville totuuden? Viimein hän rohkeni ajatella, että koska profeetoista ensimmäinen oli nimeltään Elia, tulisi viimeinenkin lopulta tuntea samalla nimellä. Hänellä oli tämän suhteen kuitenkin epäilyksiä, niin vahvoja epäilyksiä, ettei hän koskaan kutsunut itseään Eliaksi.
Johanneksen nimenomaan Elialta saamat vaikutteet saivat hänet omaksumaan vaikutuskeinokseen suoran ja kaihtelemattoman hyökkäyksen aikalaistensa syntejä ja paheita vastaan. Hän pyrki pukeutumaan kuin Elia, ja hän koetti puhua kuin Elia. Kaikissa ulkonaisissa seikoissa hän oli muinaisen profeetan kaltainen. Hän oli juuri samanlainen luja ja värikäs luonnonlapsi, juuri samanlainen peloton ja rohkea vanhurskauden saarnaaja. Johannes ei ollut oppimaton, tunsihan hän hyvin juutalaisten pyhät kirjoitukset, mutta kultivoitunut hän tuskin oli. Hänen ajatuksenjuoksunsa oli selkeää, hänen puheensa oli voimallista ja hänen tuomionsa olivat tulikivenkatkuisia. Hän tuskin kelpasi omalle aikakaudelleen esimerkiksi, suorapuheiseksi moitteeksi kylläkin.
Lopulta hän keksi tavan, jolla julistaisi sanomaa uudesta aikakaudesta, Jumalan valtakunnasta. Hän päätyi siihen, että hänestä tulisi Messiaan airut. Hän sysäsi syrjään kaikki epäilyksensä ja poistui Eengedistä eräänä maaliskuun päivänä vuonna 25 jKr aloittaakseen lyhyen mutta loisteliaan uransa julkisena saarnaajana.