Johanneksen vankeus oli hänelle yksinäinen ja jonkin verran katkerakin kokemus. Vain muutamat hänen seuraajistaan saivat luvan tavata häntä. Hän kaipasi kovasti Jeesuksen tapaamista, mutta hänen oli tyytyminen siihen, mitä hän sai kuulla Jeesuksen työstä niiden seuraajiensa kautta, joista oli tullut Ihmisen Poikaan uskovia. Hän tunsi usein kiusausta epäillä Jeesusta ja tämän jumalallista tehtävää. Jos Jeesus oli Messias, miksei tämä tehnyt mitään vapauttaakseen hänet tästä sietämättömästä vankeudesta. Yli puolentoista vuoden ajan tämä karu mies, joka oli tottunut elämään Jumalan paljaan taivaan alla, virui tuossa iljettävässä vankilassa. Ja tämä kokemus oli hänelle suuri koetus, jossa joutuivat lujille hänen uskonsa Jeesukseen ja hänen lojaalisuutensa Jeesusta kohtaan. Koko tämä kokemus oli toden totta suuri koetus, jossa joutui koetteille jopa Johanneksen usko Jumalaan. Monet kerrat hän joutui kiusaukseen epäillä yksinpä oman tehtävänsä ja kokemuksensa aitoutta.
Johanneksen oltua vankilassa jo useita kuukausia hänen luokseen tuli ryhmä hänen omia opetuslapsiaan, ja Jeesuksen julkisesta toiminnasta kerrottuaan nämä sanoivat: ”Niin kuin huomaat, Opettaja, hän, joka oli kanssasi Jordanin yläjuoksulla, hän menestyy ja ottaa vastaan kaikki, jotka hänen luokseen tulevat. Hän jopa istuu pidoissa publikaanien ja syntisten kanssa. Todistit rohkeasti hänen puolestaan, eikä hän kuitenkaan tee mitään saadakseen sinut vapaaksi.” Mutta Johannes vastasi ystävilleen: ”Tämä mies ei voi tehdä mitään, ellei hänen taivaassa oleva Isänsä ole sitä hänelle suonut. Muistanette minun sanoneen: ’En ole Messias, vaan olen se, joka lähetettiin edeltäkäsin valmistamaan hänelle tietä.’ Ja sen olen tehnyt. Se, jolla on morsian, on sulhanen, mutta sulhasen ystävä, joka seisoo lähellä ja kuulee häntä, iloitsee suuresti kuullessaan sulhasen äänen. Tämä, minun iloni, siis on täyttynyt. Hänen pitää suureta, mutta minun täytyy pienetä. Minä olen tästä maailmasta ja olen sanomani julistanut. Jeesus Nasaretilainen tulee tähän maailmaan taivaasta ja on meidän kaikkien yläpuolella. Ihmisen Poika on astunut alas Jumalan tyköä, ja Jumalan sanat hän tulee teille julistamaan. Sillä taivaan Isä ei kitsastele antaessaan hengen omalle Pojalleen. Isä rakastaa Poikaansa ja antaa ennen pitkää kaikki olevaiset tämän Pojan käsiin. Joka uskoo Poikaan, hänellä on ikuinen elämä. Ja nämä sanat, jotka puhun, ovat tosia ja pysyvät ajasta aikaan.”
Mitä Johannes oli lausunut, hämmästytti niin näitä opetuslapsia, että he poistuivat paikalta sanaakaan sanomatta. Johanneskin oli varsin kiihdyksissä, sillä hän käsitti lausuneensa profetian. Enää hän ei koskaan kokonaan epäillyt Jeesuksen tehtävää ja jumalallisuutta. Mutta se, ettei Jeesus lähettänyt Johannekselle minkäänlaista viestiä, ettei tämä tullut häntä tapaamaan ja ettei tämä vähäisessäkään määrin käyttänyt suurta valtaansa saadakseen hänet vapaaksi vankilasta, olivat Johannekselle kipeä pettymys. Jeesus oli tästä kaikesta kuitenkin tietoinen. Hän tunsi Johannesta kohtaan syvää rakkautta, mutta ollessaan nyt tietoinen omasta jumalallisesta olemuksestaan ja täysin tietäessään ne suuret asiat, joita valmisteltiin Johannesta varten, sitten kun tämä erkanisi tästä maailmasta, ja tietäessään myös, että Johanneksen työ tässä maailmassa oli tehty, hän pakottautui olemaan puuttumatta suuren saarnaaja-profeetan elämänuran luonnonmukaiseen kulkuun.
Tämä pitkä vankilassa koettu epätietoisuus oli inhimillisesti katsoen sietämätöntä. Vain muutamaa päivää ennen kuolemaansa Johannes puolestaan lähetti luotetut viestinviejät Jeesuksen luo, jolle hän esitti kysymyksen: ”Onko minun työni tehty? Miksi virun vankilassa? Oletko todellakin Messias, vai onko meidän odotettava jotakuta toista?” Ja kun nämä kaksi opetuslasta toimittivat tämän viestin Jeesukselle, Ihmisen Poika vastasi: ”Menkää takaisin Johanneksen luo ja kertokaa hänelle, etten ole unohtanut, ja sallimaan minulle myös tämän, sillä meidän sopii täyttää vanhurskaus koko mitalta. Kertokaa Johannekselle, mitä olette nähneet ja kuulleet—eli että köyhille saarnataan hyvää sanomaa—ja lopuksi, kertokaa maisen tehtäväni rakastetulle airuelle, että tulevana aikakautena hänelle koituu siunausta runsain mitoin, ellei hän missään tilanteessa epäile minua eikä lankea takiani.” Ja tämä oli viimeinen viesti, jonka Johannes sai Jeesukselta. Tämä viesti lohdutti häntä suuresti, ja se antoi hänelle paljon lujittaessaan hänen uskoaan ja valmistaessaan häntä hänen lihallisen elämänsä varsin pian tämän ikimuistettavan tapahtuman jälkeen seuranneeseen traagiseen päättymiseen.