Después de una enfermedad que duró varios meses, Zacarías murió en julio del año 12 d. de J. C., cuando Juan apenas contaba dieciocho años. Fue éste un momento de gran desconcierto para Juan puesto que el voto nazareo le prohibía todo contacto con los muertos, incluso con los de la propia familia. Aunque Juan intentó cumplir con las restricciones inherentes a su voto en cuanto a la contaminación de los muertos, no estaba seguro de haber obedecido totalmente los requisitos de la orden nazarea; por lo tanto, después del entierro de su padre, fue a Jerusalén, donde, en el rincón de los nazareos del atrio de las mujeres, ofreció los sacrificios requeridos para su purificación.
En septiembre de este año Elizabeth y Juan hicieron un viaje a Nazaret para visitar a María y a Jesús. Juan estaba prácticamente decidido a dar comienzo a su obra, pero le convencieron no sólo las exhortaciones de Jesús sino también su ejemplo de que era mejor regresar al hogar, dedicarse a cuidar a su madre, y aguardar «la llegada de la hora del Padre». Después de despedirse de Jesús y de María al final de esta agradable visita, Juan no volvería a ver a Jesús hasta el momento del bautismo de éste en el Jordán.
Juan y Elizabeth regresaron a su hogar y comenzaron a hacer planes para el futuro. Puesto que Juan rehusó aceptar el estipendio de sacerdote que se le adeudaba de los fondos del templo, al cabo de dos años habían perdido todo y estaban a punto de perder su casa; por eso decidieron trasladarse al sur con su rebaño de ovejas. Como consecuencia, el verano en que Juan cumplió veinte años presenció su traslado a Hebrón. En el llamado «desierto de Judea» Juan cuidaba de sus ovejas junto a un arroyo que era tributario de una corriente de agua más grande que desembocaba en el Mar Muerto a la altura de En-Gedi. La colonia de En-Gedi incluía no solamente a los nazareos de voto perpetuo y de consagración temporal, sino también a otros numerosos pastores ascéticos que se congregaban en esta región con sus rebaños y fraternizaban con la hermandad de los nazareos. Se ganaban la vida con la cría de las ovejas y con la ayuda de las dádivas que los ricos judíos le hacían a la orden.
Según pasaba el tiempo, Juan regresaba cada vez menos frecuentemente a Hebrón, mientras que visitaba En-Gedi con frecuencia cada vez mayor. Era tan completamente diferente de la mayoría de los nazareos que le resultaba muy difícil fraternizar en forma plena con la hermandad. Pero le tenía gran afecto a Abner, el reconocido líder y jefe de la colonia de En-Gedi.